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nicc郭郭新蟲(chóng) (初入文壇)
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[交流]
SILAC定量蛋白質(zhì)組
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SILAC ( Stable Isotope Labeling with Amino acids in Cell culture)技術(shù)是利用哺乳動(dòng)物細(xì)胞增殖對(duì)必需氨基酸的依賴性原理而設(shè)計(jì)的代謝標(biāo)記蛋白質(zhì)的方法。SILAC技術(shù)應(yīng)用于定量蛋白質(zhì)組研究,為全面、系統(tǒng)地定性和定量分析復(fù)雜哺乳動(dòng)物細(xì)胞蛋白質(zhì)組提供了有效的方案,是目前最先進(jìn)的、進(jìn)行細(xì)胞中蛋白質(zhì)相互作用和蛋白質(zhì)表達(dá)差異的定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)。 技術(shù)特點(diǎn) 1、高效性:SILAC是體內(nèi)標(biāo)記技術(shù),標(biāo)記效率可高達(dá)100%; 2、定量精確,線性范圍廣,降低由于樣品制備、實(shí)驗(yàn)操作和儀器設(shè)備造成的實(shí)驗(yàn)誤差,定量重復(fù)性好; 3、體內(nèi)代謝標(biāo)記與SDS-PAGE或色譜分離技術(shù)相結(jié)合,兼容疏水性蛋白和偏堿性蛋白,不受蛋白性質(zhì)限制; 4、由于該技術(shù)屬于體內(nèi)標(biāo)記,標(biāo)記效果穩(wěn)定,其標(biāo)記效率不受裂解液的影響,不僅適合于進(jìn)行全細(xì)胞蛋白的分析,還適合于膜蛋白的鑒定和定量; 5、與化學(xué)標(biāo)記相比,SILAC方法蛋白需要量明顯減少,通常每個(gè)樣品只需要幾十微克的蛋白量; 6、活體標(biāo)記,更接近樣品真實(shí)狀態(tài); 7、相容性:可以對(duì)多種在DMEM或RPMI 1640培養(yǎng)基中能夠培養(yǎng)的細(xì)胞或細(xì)菌中表達(dá)的蛋白進(jìn)行標(biāo)記。 適用范圍 藥物作用靶點(diǎn)研究 疾病標(biāo)志物篩選 只適用于活體培養(yǎng)的細(xì)胞,對(duì)于生物醫(yī)學(xué)研究中常用的組織樣品,體液樣品等無(wú)法分析,對(duì)于動(dòng)物模型的標(biāo)記成本太大,無(wú)法實(shí)現(xiàn)要求物種含有已完成全基因組測(cè)序或轉(zhuǎn)錄組測(cè)序注釋的CDS信息 客戶提供 需鑒定的樣品; 樣品信息單,需詳細(xì)填寫(xiě)樣品來(lái)源、含量、狀態(tài)及其他基本信息。 最終交付 實(shí)驗(yàn)報(bào)告一份,含具體實(shí)驗(yàn)流程及蛋白質(zhì)組鑒定及定量結(jié)果(生物信息學(xué)分析)。 生物信息學(xué)分析內(nèi)容包括: 1. SILAC定性分析:包括肽段、蛋白鑒定結(jié)果統(tǒng)計(jì)、重復(fù)性分析、unique肽段數(shù)分布、肽段長(zhǎng)度分布、蛋白覆蓋度分布 2. SILAC定量分析:包括肽段、蛋白定通量統(tǒng)計(jì)、差異蛋白篩選、蛋白豐度比值分布、差異蛋白表達(dá)量層次聚類(lèi)分析 3. 蛋白質(zhì)功能注釋分析:包括GO分類(lèi);COG注釋;Pathway通路分析 4. 差異蛋白功能富集:包括對(duì)差異蛋白GO富集分析;差異蛋白Pathway通路分析 5. 差異蛋白網(wǎng)絡(luò)互作分析(高級(jí)分析) 6. 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)(高級(jí)分析) |
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