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符先森新蟲 (初入文壇)
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[求助]
求助，Jmol如何擴(kuò)胞 已有1人參與
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求助，在windows系統(tǒng)中使用Jmol看過(guò)渡態(tài)反應(yīng)路徑的時(shí)候，關(guān)鍵部分原子在晶胞的邊界，看的太難受了，有沒(méi)有什么方法可以擴(kuò)胞下，類似于ms的周期性擴(kuò)胞。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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寫一個(gè)jmol的腳本文件，以.spt為后綴（或擴(kuò)展名的），文件里寫入如下的內(nèi)容，特別是第一行，第一行里通過(guò)load命令導(dǎo)入要打開的文件名（可以加上它的路徑），你可以修改{....}里的參數(shù)，進(jìn)行擴(kuò)胞。打開jmol后，直接將該文件拖到j(luò)mol的窗口里： load "n9_200879.vasp.cif" packed supercell {1 1 1} #rotate x -75 unitcell 0002 axes 0002 set ambient 40; set specpower 90 #select *; color bonds none; wireframe 0.05 #select tungsten; wireframe off spacefill ionic font axes 30 set minBondDistance 1.0 select *;color bonds none;wireframe 0.0;set bondmode AND select tungsten; wireframe 0.0 select carbon; spacefill 20% select tungsten; color [0,161,255] select boron; spacefill 13%; color atoms white; label "X";set labelalignment center; set labeloffset 0 0; color label red; font label 40 arial bold hide atomZ=[0.0 4.750] |
2樓2022-03-08 08:49:49
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