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科研bxnb新蟲 (初入文壇)
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Exosome RNA測序 已有2人參與
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Exosome(外泌體)是活細(xì)胞分泌的來源于晚期核內(nèi)體(也稱為多囊泡體)的膜性囊泡,存在于體液中,包括血液、唾液、尿液和母乳等。目前研究發(fā)現(xiàn),exosome內(nèi)含有與細(xì)胞來源相關(guān)的蛋白質(zhì)、脂質(zhì)和各類核酸分子,尤其是miRNA和lncRNA。Exosome能夠通過生物屏障,在細(xì)胞間傳遞功能性核酸分子,從而發(fā)揮各種生物學(xué)功能,有望成為一種新型給藥途徑及基因治療載體。 樣本要求 • 樣品類型:血清、血漿、尿液、唾液或細(xì)胞上清液 • 樣品量:細(xì)胞上清液:大于15mL;血清、血漿:大于4mL。 • 樣品保存:細(xì)胞上清液:用無血清培養(yǎng)基培養(yǎng)細(xì)胞至80%密度后收集至RNase Free EP管;血清血漿:新鮮血液分離血清/血漿后,轉(zhuǎn)移至-80冰箱。 • 樣品運(yùn)輸:樣品置于1.5 mL管中,封口膜封好,干冰運(yùn)輸。 • 備注:如客戶已分離出外泌體,可保存-80℃,干冰運(yùn)輸。 測序方案 分析對象:miRNA 測序模式 SE50 測序數(shù)據(jù)量 10Mb clean reads 分析對象:mRNA+lncRNA+circRNA 測序模式 PE150 測序數(shù)據(jù)量 10Gb clean data 生物信息分析內(nèi)容 circRNA分析內(nèi)容 1 原始數(shù)據(jù)質(zhì)控檢查 2 比對結(jié)果質(zhì)控檢查 3 基于基因表達(dá)的樣品主成分分析 4 差異基因表達(dá)及相關(guān)通路富集分析 5 circRNA預(yù)測及鑒定 6 circRNA差異分析 7 差異circRNA宿主基因的通路富集分析 8 差異circRNA的靶向miRNA預(yù)測分析 9 長鏈非編碼RNA差異分析 10 基于基因表達(dá)的通路活性分析 11 轉(zhuǎn)錄調(diào)控活性分析及通路互作分析 12 差異長鏈非編碼RNA的調(diào)控基因的通路富集分析 13 circRNA及靶向miRNA網(wǎng)絡(luò)調(diào)控制圖 miRNA分析內(nèi)容 1 miRNA測序分析 2 原始數(shù)據(jù)質(zhì)控檢查 3 比對結(jié)果質(zhì)控檢查 4 新miRNA預(yù)測 5 ncRNA注釋(rRNA / tRNA / snRNA / snoRNA / piRNA) 6 基于miRNA表達(dá)的樣品主成分分析 7 miRNA差異分析 8 差異miRNA靶基因GO功能分析 9 差異miRNA靶基因通路分析 10 差異miRNA與差異表達(dá)基因調(diào)控分析(如果有mRNA測序結(jié)果) 11 差異miRNA與差異表達(dá)基因網(wǎng)絡(luò)繪圖(如果有mRNA測序結(jié)果) |
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4樓2022-02-15 09:58:24
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