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木棉和我木蟲 (職業(yè)作家)
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[求助]
求助：建立的初始簡(jiǎn)單晶體體系(NaCl結(jié)構(gòu))，npt弛豫時(shí)即發(fā)生體系“爆炸” 已有1人參與
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如題，建立了一個(gè)NbC完美晶體，尺寸與取向分別為：10a*10a*10a; X-[100], Y-[010], and Z-[001]。 準(zhǔn)備簡(jiǎn)單計(jì)算一下相關(guān)勢(shì)函數(shù)下的晶格常數(shù)，即在5K下進(jìn)行npt保溫弛豫，模型開始計(jì)算則發(fā)生“爆炸”。具體Lammps運(yùn)行腳本如下： units metal boundary p p p atom_style atomic read_data nbc_c10-10-10.lmp #perfect NbC crystal (NaCl structure)；由Atomsk建立. pair_style meam/c pair_coeff * * library.meam Nb Fe C NbFeC.meam Nb C timestep 0.001 thermo 100 thermo_style custom step temp pe ke etotal epair press vol lx ly lz restart 100000 fcc-Fe.restart neighbor 0.5 bin neigh_modify every 2 delay 10 check yes dump 1 all custom 100000 dump.lattice-nbc-5K.* id type x y z velocity all create 5 123456 dist gaussian fix 1 all npt temp 5 5 0.1 iso 0 0 0.1 run 500000 unfix 1 undump 1 相關(guān)勢(shì)函數(shù)、in文件及初始晶體請(qǐng)見附件。 另外，MD構(gòu)建初始晶體時(shí)，是否需要考慮晶體結(jié)構(gòu)的化學(xué)鍵類型？還是只是需要把各類原子的初始位置確定，而化學(xué)鍵類型主要影響作用力，作用力通過(guò)勢(shì)函數(shù)體現(xiàn)？或者說(shuō)，建立MD結(jié)構(gòu)模型時(shí)，是不是僅有位置信息，沒(méi)有其他信息，其他信息由勢(shì)函數(shù)決定。 請(qǐng)相關(guān)老師們幫忙解答一下，十分感謝。 |
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2樓2021-12-11 06:34:54
3樓2021-12-12 00:26:14
木棉和我
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4樓2021-12-13 08:34:26
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謝謝老師您的解答！ 1. 也就說(shuō)MD晶體構(gòu)型中，只有位置信息(結(jié)果中，可以根據(jù)原子位置與速度，提取相關(guān)參量)；然后原子間作用力的影響因素，如化學(xué)鍵類型、電荷等，是直接由勢(shì)函數(shù)體現(xiàn)，對(duì)嗎？ 2. 這個(gè)模型是這樣的，就是根據(jù)文獻(xiàn)中的勢(shì)函數(shù)計(jì)算出的NbC晶格常數(shù)，我建立了一個(gè)完美NbC晶體(NaCl結(jié)構(gòu))。我想確定一下，這個(gè)勢(shì)函數(shù)下NbC的晶格常數(shù)是不是如文獻(xiàn)中所述，于是簡(jiǎn)單的對(duì)完美NbC晶體做了NPT保溫，結(jié)果體系“爆炸”了。我也嘗試過(guò)對(duì)這個(gè)NbC晶體進(jìn)行cg法的能量最小化，但最小化好像對(duì)整個(gè)晶體原子位置毫無(wú)影響，因?yàn)楸旧斫⒌腘bC晶體就是完美的Nb：C=1:1的NaCl結(jié)構(gòu)。 |
5樓2021-12-13 08:47:32
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