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longhaijun新蟲 (初入文壇)
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[求助]
提取原子坐標(biāo) 已有1人參與
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請(qǐng)問大家，怎么從已經(jīng)得到的log文件里提取原子坐標(biāo)并用VMD做圖啊 @jiewei 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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longhaijun
新蟲 (初入文壇)
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3樓2021-11-23 12:03:02
paramecium86
版主 (著名寫手)
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- 管轄: 量子化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+5 2021-11-22 13:54:39
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+5 2021-11-22 13:54:39
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VMD可以讀取的一般是xyz格式的文件。 提取坐標(biāo)本身很容易。比如用GaussView打開輸出文件 然后直接保存成一個(gè)gjf或者 mol文件 就可以了。 之后你可以用記事本之類的文本編輯軟件打開gjf文件 把xyz坐標(biāo)直接復(fù)制出來(lái)。然后自己弄個(gè)xyz文件，VMD就可以讀取了。 如果想更省事兒一些可以用Multiwfn， 用Multiwfn載入輸出文件，在100 功能中有一個(gè)可以轉(zhuǎn)化成xyz格式的文件的選項(xiàng)。之后VMD就可以打開了。 |
2樓2021-11-21 19:02:37
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