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有何不可瓊銀蟲 (著名寫手)
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VMD分析徑向分布函數(shù)時max r的設(shè)置問題
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請問各位：用VDM分析徑向分布函數(shù)g(r)的時候，這個界面max. r.要怎么設(shè)置呢？ 我分別設(shè)置2和5做了g（r）和g（r）的積分，峰值位置沒啥影響，但其他部分，還有有一些影響的。網(wǎng)上有教程說：分析rdf時，橫坐標(biāo)也就是max r不能超過盒子最小邊長的一半，也就是得滿足最小映像約定。如果max r的取值大于盒子最小邊長的一半，就有可能重復(fù)算到一個粒子和它的映像粒子，這使得程序的周期性判斷失準(zhǔn)。 這里的盒子最小邊長是不是指晶格參數(shù)a，b，c的最小值？還是這個： 但，新版的VMD貌似沒有這個unit cell設(shè)置的窗口了。請問大家一般怎么設(shè)的呢？@內(nèi)工大_材料_vasp分子動力學(xué) 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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群內(nèi)提問，隨機(jī)性太大，經(jīng)常石沉大海，直接被忽略了。所以發(fā)個帖子。保留的時間長一點，希望有經(jīng)驗的朋友看到可以指點一二。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2021-09-21 16:23:57
有何不可瓊
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如第一個圖所示，是VMD 分析徑向分布函數(shù)的設(shè)置界面，默認(rèn)max. r為10，我分別設(shè)為2和5做了圖，對比效果為第二個圖 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2021-09-21 16:17:47
有何不可瓊
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其實，過程中還遇到一些問題，比如，很多人說用vaspkit的405或者504功能，將VASP計算MD的輸出文件中的XDATCAR文件轉(zhuǎn)換成. pdb格式，再用VMD打開，但我用新版的vaspkit根本得不到正確的.pdb文件，每次都是空的，我懷疑那個功能只能用于擴(kuò)散勢壘的情況。最后是有群友告訴我，可以VMD可以直接處理vasprun得到g（r） 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2021-09-21 16:22:42
有何不可瓊
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5樓2021-09-23 01:17:24
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