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| 【懸賞金幣】回答本帖問題，作者袁遠(yuǎn)淵將贈(zèng)送您 10 個(gè)金幣 | |||
袁遠(yuǎn)淵新蟲 (初入文壇)
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[求助]
想向各位大佬請(qǐng)教一下怎么正確使用網(wǎng)站提供的勢(shì)函數(shù)文件。
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各位大佬，我導(dǎo)師想讓我做Co-Pt沉積的分子模擬，我在interatomic potentials repository上找到了Co-Pt的MEAM勢(shì)函數(shù)文件，通過將數(shù)據(jù)拷貝到清空內(nèi)容的原本勢(shì)函數(shù)文件里，但是程序一直無(wú)法運(yùn)行，每次到pair_coeff就會(huì)出現(xiàn)error，顯示如下：incorrect args for pair coefficient。 然后我對(duì)查了錯(cuò)誤手冊(cè)，說是初始模型問題描述很短。然后我對(duì)in文件做了一些改動(dòng)，比如將meam/c改為meam，不行。將網(wǎng)站的liburary.meam 中關(guān)于兩個(gè)元素的數(shù)據(jù)復(fù)制進(jìn)原本的liburary.meam也不行，將pari style與pair_coeff 移動(dòng)到分層建模的命令前面，也不行。 模擬卡在這里已經(jīng)很久了，我實(shí)在不知道怎么辦了，希望各位大佬幫幫孩子吧，球球了，研二了我現(xiàn)在只想畢業(yè)。 這是我的in文件 ##Co deposited on Co #mpirun -np 16 ./lmp_g++_mpich<Co.txt #定義數(shù)值 variable lat_a equal 2.51 variable lat_c equal 4.10 variable lat_x equal 20*${lat_a} variable lat_y equal 20*${lat_a} variable lat_z equal 50*${lat_c} variable lat_z1 equal 1*${lat_c} variable lat_z2 equal 2*${lat_c} variable lat_z3 equal 3*${lat_c} variable lat_z4 equal 49*${lat_c} #定義晶格 units meta ldimension 3 atom_style atomic boundary p p f neighbor 0.5 bin neigh_modify every 1 delay 0 check yes #創(chuàng)建格子 region bbox block 0 ${lat_x} 0 ${lat_y} 0 ${lat_z} units box create_box 4 bbox #創(chuàng)建Co基底 lattice hcp ${lat_a} region lbox block 0 ${lat_x} 0 ${lat_y} 0 ${lat_z3} units box create_atoms 1 region lbox #定義基板功能區(qū) region sput block 2 50 2 50 ${lat_z4} ${lat_z} units box #沉積原子產(chǎn)生區(qū) group sput region sput region stable block INF INF INF INF 0.0 ${lat_z1} units box #固定層 group stable region stable region relax block INF INF INF INF ${lat_z1} ${lat_z2} units box #熱控制層 group relax region relax region free block INF INF INF INF ${lat_z2} ${lat_z3} units box #自由層 group free region free #摩爾質(zhì)量設(shè)置 mass 1 58.93 mass 2 58.93 mass 3 195.1 #力場(chǎng)設(shè)置 pair_style meam/c pair_coeff * * library.meam Pt Co PtCo.meam Co Co Pt #計(jì)算原子溫度 compute KE all ke/atom variable KB equal 8.625e-5 variable TEMP atom c_KE/1.5/${KB} #輸出原子信息 dump 1d all custom 1000 dump.diposite id type x y z v_TEMP #屏幕輸出信息設(shè)置 reset_timestep 0 thermo 5000 thermo_style custom step pe ke etotal temp vol press #固定底部原子，防止在沉積過程中移動(dòng) fix s1 stable setforce 0.0 0.0 0.0 #能量最小化 min_style cg minimize 1e-8 1e-8 10000 10000 #溫度初始化 velocity other create 298 39849 mom yes rot yes dist gaussian #nvt系綜下進(jìn)行弛豫 fix 1 all nvt temp 298.00 298.0 10.0 run 20000 #沉積前設(shè)定 unfix 1 fix 1 relax nvt temp 298.00 298.00 10.0 fix 2 free nve #沉積原子類型為2，數(shù)量500個(gè) fix 3 all deposit 500 2 100 95485 region sput near 2.51 vz -0.5 -1.5 #為生成的原子添加溫度 fix 4 sput temp/csvr 1653.00 1653.00 100 #刪除飛出box外的原子 thermo_modify lost ignore flush yes run 100000@smutao@oxox6085 |
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