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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » DMOL3計算吸附位
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qianyunjiu新蟲 (小有名氣)
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[求助]
DMOL3計算吸附位
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使用DMOL3模塊計算MOFs中有機配體對二甲苯的吸附，想問一下如何確定的吸附位點，我目前是直接把二甲苯模型copy到有機配體附近，然后進行結構優(yōu)化，但計算失敗。想問一下大佬們是什么原因，或者是不可以這樣算。輸入文件、輸出文件的末尾部分如下： 輸入文件： # Task parameters Calculate optimize Opt_energy_convergence 1.0000e-04 Opt_gradient_convergence 2.0000e-02 A Opt_displacement_convergence 5.0000e-02 A Opt_iterations 100 Opt_max_displacement 0.3000 A Opt_coordinate_system cartesian Initial_hessian improved Symmetry off Max_memory 2048 File_usage smart Scf_density_convergence 1.000000e-04 Scf_charge_mixing 2.000000e-01 Scf_spin_mixing 5.000000e-01 Scf_diis 6 pulay Scf_iterations 100 # Electronic parameters Spin_polarization unrestricted Charge 0 Basis dnp Pseudopotential vpsr Functional pbe Aux_density hexadecapole Dftd G06 Integration_grid fine Occupation thermal 0.0500 Cutoff_Global 3.5000 angstrom # Calculated properties 輸出文件： Warning: molecule has been put into center of geometry coordinate system Translated by 22.11734659977801 33.38771086531930 9.96617519146394 Translations and Rotations Projected Out of Hessian Cycle Total Energy Energy change Max Gradient Max Displacement opt== 3 -7755.9111380 -0.0658368 0.033689 0.075431 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ End Getting New Geometry ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Total Energy Binding E Cnvgnce Time Iter Ef -7755.805213Ha -17.4411506Ha 7.13E-03 22.2m 1 Ef -7755.811509Ha -17.4474473Ha 1.32E-02 22.4m 2 Ef -7755.810076Ha -17.4460141Ha 7.74E-03 22.6m 3 Ef -7755.811852Ha -17.4477898Ha 1.24E-02 22.8m 4 Ef -7755.810722Ha -17.4466602Ha 5.09E-03 23.0m 5 Ef -7755.810484Ha -17.4464221Ha 4.13E-03 23.2m 6 Ef -7755.810156Ha -17.4460942Ha 1.41E-03 23.5m 7 Ef -7755.810026Ha -17.4459640Ha 2.53E-03 23.7m 8 Ef -7755.810041Ha -17.4459788Ha 1.26E-03 23.9m 9 Ef -7755.810059Ha -17.4459971Ha 1.80E-03 24.1m 10 Ef -7755.810000Ha -17.4459380Ha 8.30E-04 24.3m 11 Ef -7755.809971Ha -17.4459089Ha 4.94E-04 24.5m 12 DMol3.pl message: DMol3 job finished in 0 hr 24 min 47 sec. |
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