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iBioDesign新蟲 (初入文壇)
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【深圳先進(jìn)院喬宇團(tuán)隊(duì)】生物智能設(shè)計(jì)方向
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我們準(zhǔn)備干什么？ “拜登五問”之三——如何保證美國在“從人工智能到合成生物”等高新技術(shù)領(lǐng)域的領(lǐng)先地位——足見“人工智能”與“合成生物”這兩個(gè)領(lǐng)域的科技戰(zhàn)略地位。 那么人工智能是什么呢？比如AlphaGo、GPT-3； 合成生物又是什么呢？基因測序、基因編輯CRISPR、“人工酵母”生產(chǎn)青蒿素等。 最近AlphaFold-2已經(jīng)震驚整個(gè)生物學(xué)界，展示了人工智能技術(shù)的巨大潛力。 我們身處這兩個(gè)領(lǐng)域交叉地帶，正開拓生物智能設(shè)計(jì)這一新方向，以期實(shí)現(xiàn)生物大分子序列的優(yōu)化設(shè)計(jì)，提高其生物性能。 為什么是我們？  1. 我們擁有強(qiáng)大的人工智能團(tuán)隊(duì)，能給生物序列設(shè)計(jì)和自動(dòng)化實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)提供算法支撐； 2. 我們擁有國際化的合成生物團(tuán)隊(duì)，能給算法提供高質(zhì)量的數(shù)據(jù)； 3. 我們擁有全世界最大的合成生物自動(dòng)化實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，能給算法提供高通量的數(shù)據(jù)。 你憑什么可以？  1. 有興趣從事生物智能設(shè)計(jì)領(lǐng)域的研究，具有接受挑戰(zhàn)的勇氣和克服困難的信心； 2. 具有自我驅(qū)動(dòng)的特質(zhì)、良好的溝通能力與團(tuán)隊(duì)協(xié)作精神； 3. 生物信息學(xué)、信息技術(shù)大類、數(shù)學(xué)、物理及計(jì)算類相關(guān)方向的高年級(jí)本科生或研究生； 4. 有扎實(shí)的數(shù)學(xué)基礎(chǔ)（特別是統(tǒng)計(jì)、優(yōu)化及數(shù)值方法）及過硬的編程能力（非常重要）； 5. 可保證1年或以上實(shí)習(xí)期； 6. 優(yōu)先條件： a. 有深度學(xué)習(xí)、強(qiáng)化學(xué)習(xí)、自然語言處理、計(jì)算機(jī)視覺等相關(guān)學(xué)習(xí)或科研經(jīng)歷； b. 熟悉pytorch或tensorflow深度學(xué)習(xí)框架。 我們正在干些什么？  1. 非氧依賴熒光蛋白序列活性預(yù)測。采用cnn、rnn、transformer等模型，結(jié)合大規(guī)模預(yù)訓(xùn)練和進(jìn)化信息實(shí)現(xiàn)小樣本預(yù)測。 2. 數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的生物序列優(yōu)化。采用進(jìn)化算法、貝葉斯優(yōu)化、強(qiáng)化學(xué)習(xí)等方法。 3. 強(qiáng)化學(xué)習(xí)算法研究。研究適配合成生物高通量實(shí)驗(yàn)設(shè)施的強(qiáng)化學(xué)習(xí)算法。 我們提供些什么？  1. 每月2100-3600元的生活補(bǔ)助以及帶薪休假的寒假； 2. 免費(fèi)宿舍（有獨(dú)立衛(wèi)浴及空調(diào)），28元/工作日的餐費(fèi)補(bǔ)貼, 院內(nèi)有5個(gè)食堂； 3. 先進(jìn)院統(tǒng)一購買保險(xiǎn)，并報(bào)銷一次性來院報(bào)到交通費(fèi)和體檢費(fèi)用； 4. 指導(dǎo)老師一對一直接指導(dǎo)，還能與國內(nèi)外不同高校的小伙伴組團(tuán)共同學(xué)習(xí)； 5. 人均8塊卡的有力計(jì)算資源支持； 6. 表現(xiàn)優(yōu)秀者不僅可以申請獎(jiǎng)金豐厚的成果獎(jiǎng)勵(lì)，更可以獲推薦申請?jiān)簝?nèi)正式職位。 工作地可選  1. 深圳 2. 上海 3. 遠(yuǎn)程 你可以行動(dòng)了！  有意申請者請將個(gè)人簡歷以郵件方式發(fā)送至ry.hu@siat.ac.cn，郵件標(biāo)題注明“生物智能設(shè)計(jì)-學(xué)校名稱-專業(yè)-姓名”，并將個(gè)人簡歷以附件（pdf格式）隨郵件發(fā)送，簡歷命名方式請與郵件標(biāo)題保持一致。 ps：個(gè)人簡歷須包含但不限于教育背景、所修課程、科研或項(xiàng)目經(jīng)歷（如有）、個(gè)人自述（說明個(gè)人規(guī)劃、個(gè)人特質(zhì)） 額外參考 PI介紹： 喬宇博士，中國科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院研究員，博士生導(dǎo)師，數(shù)字所所長。喬宇研究員課題組長期關(guān)注深度學(xué)習(xí)等人工智能方法的基礎(chǔ)研究與應(yīng)用開發(fā)，用于計(jì)算機(jī)視覺、生物醫(yī)學(xué)信息、生物智能設(shè)計(jì)等領(lǐng)域的研究。共發(fā)表學(xué)術(shù)論文210余篇，在jcr-q1和ccf-a類期刊會(huì)議發(fā)表論文90余篇，被引用超過17000次，h-index為54；在chalearn、lsun、activitynet等重要國際競賽中12次獲第一名；多項(xiàng)技術(shù)成功轉(zhuǎn)移到企業(yè)，并應(yīng)用廣泛。 多媒體技術(shù)研究中心致力于深度學(xué)習(xí)與計(jì)算機(jī)視覺等領(lǐng)域的創(chuàng)新性基礎(chǔ)研究與應(yīng)用開發(fā)，擁有完善的深度學(xué)習(xí)研發(fā)軟、硬件平臺(tái)，擁有超過400片高性能gpu卡。中心團(tuán)隊(duì)在pami、tip、ijcv、cvpr、iccv、eccv、aaai等重要國際會(huì)議和期刊上發(fā)表學(xué)術(shù)論文300余篇，論文谷歌學(xué)術(shù)累計(jì)被引近3萬次。曾獲aaai 2021杰出論文獎(jiǎng)、在imagenet、activitynet等重要視覺國際競賽10余次取得第一。其中實(shí)習(xí)學(xué)生為不少論文的第一作者。 近期部分成果：https://mmlab.siat.ac.cn/yuqiao/publication 中心科研團(tuán)隊(duì)：https://mmlab.siat.ac.cn/team 合作PI介紹： 司同博士，中國科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院合成生物學(xué)研究所研究員，博士生導(dǎo)師。課題組主要方向?yàn)樽詣?dòng)化合成生物技術(shù)，基于高通量實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)方法開展蛋白質(zhì)和代謝工程研究，用于燃料、藥物、精細(xì)化工品等重要分子的研究與生產(chǎn)。在nat commun、jacs等國際著名期刊發(fā)表論文和論著30余篇，“谷歌學(xué)術(shù)”引用超過1600次。 合作PI實(shí)驗(yàn)室主頁：https://isynbio.siat.ac.cn/sitonglab/ 合成生物及人工智能應(yīng)用介紹見相關(guān)鏈接： 1. 合成生物研究路線圖：https://roadmap.ebrc.org/ 2. 合成生物核心目標(biāo)：https://www.ibiology.org/bioengineering/engineering-microbes/ 3. 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測模型AlphaFold-2：https://deepmind.com/blog/articl ... hallenge-in-biology 4. 機(jī)器學(xué)習(xí)在蛋白質(zhì)工程中的應(yīng)用：https://www.nature.com/articles/s41592-019-0496-6 |
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