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嘿嘿又呵呵新蟲 (小有名氣)
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[求助]
請教關于進化樹的一些基礎問題
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小弟非微生物專業(yè)，但最近需要開展微生物分類的相關研究，牽扯到進化樹，一直以來對于各種文章里的各種高大上的進化樹都是“嘆為觀止”，但到實際操作的時候就懵逼了，看了一些教學視頻和帖子，仍舊有如下幾個疑問，還請大神幫忙指點，請務必詳細通俗一些，謝謝。 1、使用megaX等軟件進行序列比對環(huán)節(jié)，是否需要“掐頭去尾”（去掉若干條序列兩端無法對齊的序列片段）和“刪除gaps”（把序列中間但凡是有一條序列中缺少堿基的核苷酸位點就給刪掉，我內(nèi)心對此做法持懷疑態(tài)度，萬一不同物種中該基因的確存在indel怎么辦？刪除gaps豈不是忽略這些重要的信息？）兩個環(huán)節(jié)的操作，保留所有待比對序列的共有核苷酸位點？ 2、比如說20個細菌的全基因組序列，使用megaX是不是就有些吃力或者比較慢了，那針對物種全基因組序列的進化樹構建，有沒有什么建樹軟件推薦？ 3、如何區(qū)分有根樹和無根樹？外類群是如何界定的（或者說外類群的選擇就需要對所研究物種具有一定的進化認知才行？）？ |
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2樓2021-07-13 20:50:03
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