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水壺呼呼新蟲 (小有名氣)
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[交流]
lammps學(xué)習(xí)記錄----restart write_restart read_restart 已有1人參與
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Sample Text 在網(wǎng)上看到一個總結(jié)很好的，掛下鏈接~侵刪 https://www.360doc.com/content/12/1120/08/8275160_249016551.shtml restart命令是lammps提供的重啟動命令。比如馳豫各個計(jì)算都要用，可以先單獨(dú)馳豫一下，生成restart文件，供其他計(jì)算直接調(diào)用，從而避免每個計(jì)算都進(jìn)行馳豫。 中間寫一個restart文件，在文件中記錄某個狀態(tài)的絕大部分信息，restart文件是二進(jìn)制文件。 restart2data可以將restart的二進(jìn)制文件轉(zhuǎn)化為文本文件，可以由read_data讀入。 restart和write_restart不同點(diǎn)：前者周期性將系統(tǒng)狀態(tài)寫入不同的restart文件，后者寫出該命令使用前的系統(tǒng)狀態(tài)。使用位置也不同： restart files文件必須是N的整數(shù)倍才可以輸出，與dump不同，dump會輸出剛開始的還有如果最后是能量最小化的也會輸出，所以可以先用write_restart文件在run之前寫一個e二進(jìn)制文件，對于最后一步是能量最小化，并且收斂的話（N>0），restart會輸出最后一步 read_restart是讀前兩者的文件，開始新的計(jì)算 需要注意的是，并不是所有的模擬信息都保存在restart.equil文件中。 比如fix命令就需要在新的模擬文件中重新設(shè)置，官方手冊已經(jīng)列舉的很全面，有需要可以查查手冊。 關(guān)于read_restart： 什么信息包括：重建模擬盒子，原子，和他們的分布，以及一些相關(guān)的全局設(shè)定 根據(jù)當(dāng)前模擬中的處理器數(shù)量和處理器命令的設(shè)置，將模擬盒子劃分為矩形磚的常規(guī)3d網(wǎng)格，每個處理器一個。以后可以通過balance或fix balance命令更改分區(qū)。 units newton bond (see discussion of newton command below) atom style and atom_modify settings id, map, sort comm style and comm_modify settings mode, cutoff, vel timestep simulation box size and shape and boundary settings atom group definitions per-type atom settings such as mass per-atom attributes including their group assignments and molecular topology attributes (bonds, angles, etc) force field styles (pair, bond, angle, etc) force field coefficients (pair, bond, angle, etc) in some cases (see below) pair_modify settings, except the compute option special_bonds settings 什么沒包括：某些fix命令，包括fix shake fix langevin。某些 pair styles，因?yàn)橛?jì)算力的時候依賴于速度，只用half-step的值，而重新讀入時，剛開始計(jì)算時用的時full-step的速度，這些fix命令包括 granular pair styles, pair dpd, and pair lubricate （個人建議：將fix命令重寫） newton pair (see discussion of newton command below) fix commands (see below) compute commands (see below) variable commands region commands neighbor list criteria including neigh_modify settings kspace_style and kspace_modify settings info for thermodynamic, dump, or restart output many-body和tabulated勢不能用，需要重新寫pair_coeff bond_coeff 等 |
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