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| 【懸賞金幣】回答本帖問題，作者藍白貓將贈送您 30 個金幣 | |||
藍白貓新蟲 (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于ms建立固——氣吸附模型的問題
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關(guān)于ms建模這里有很多疑惑，在此請教各位大佬。 我用ms建立模型然后轉(zhuǎn)換格式到lammps進行計算。想要實現(xiàn)的是在一個盒子的中間放入 nacl 固體，然后周圍分布水分子。 目前正方體顆粒是可以實現(xiàn)的，但是不清楚具體的流程對不對。而在用同樣方法建立球形模型的時候會出現(xiàn)問題。 1.建立nacl晶胞。 2.建立一個有 nacl 晶胞的新文件，刪除里面的nacl，用 build——Crystals 里的 rebuild 建立一個想要尺寸的盒子。 3.對已建立的 nacl 晶胞用 supercell 擴展，選中所有離子復制粘貼到所建立的盒子里。 4.用 Adsorption Locator 進行水分子的添加，并用其中的 run 進行處理。 5.輸出car文件轉(zhuǎn)為data。 但是正方體 nacl 顆粒復制放入空盒子中時，一般會出現(xiàn)在盒子左下角，并且上方和右邊邊界存在一層nacl離子，這個是為什么？通常我是直接全選然后將其手動移動到盒子中心。 而在建立球形模型的時候，我是用 supercell 擴展以后，用 build——Nanostructure——Nanocluster 進行剪切的，隨后也是將所得的 nacl 全選復制到盒子中，但是這個時候會在角落里八分之一個球體。這是什么原因？另外這個用同樣的方法附上水分子以后，不能保證球形顆粒處在盒子中央，這個又該如何解決？（因為正方體可以直接挪，但是八個半球的話根本不知道該如何進行位置的變化）同樣，如果我是要放入兩個球模型也是會出現(xiàn)同樣的問題，所以想請教一下我的方法是否是正確的，并且球形模型該如何處理？如何放入盒子中心？ |
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