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基于MS的Forcite模塊模擬氫在鎢表面的物理吸附
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目的：介紹Forcite在生成分子在表面的優(yōu)化結(jié)構(gòu)中的使用。 模塊：Forcite 背景： 在Materials Studio中Forcite是一個(gè)經(jīng)典分子力學(xué)工具，由Accelrys科學(xué)家和軟件工程師設(shè)計(jì)，可以執(zhí)行一系列任務(wù)，包括對單分子或周期性系統(tǒng)的快速能量計(jì)算和幾何優(yōu)化。它提供了使用不同力場的方法，很適合初學(xué)者使用，它也為有經(jīng)驗(yàn)的用戶提供了廣泛的自定義選項(xiàng)。 介紹： 詳細(xì)了解表面相互作用和反應(yīng)，在許多材料的設(shè)計(jì)和加工中起著關(guān)鍵的作用， 在這種研究中重要的第一步是分子物理吸附到表面的優(yōu)化幾何模型(即能量最小化)的準(zhǔn)備。在建模方法中涉及的步驟是從純晶體表面構(gòu)造表面、分子向表面的添加、研究氣－固相互作用勢能的定義(即力場)、然后是幾何優(yōu)化計(jì)算。 本教程的目的是解釋在研究氣體在表面的物理吸附中涉及的不同步驟，在本教程中的系統(tǒng)是一個(gè)受到氫吸附到鎢表面的研究的啟發(fā)而產(chǎn)生的例子。在本例中，可以見到分子力學(xué)的使用，它可以作為更昂貴的量子力學(xué)計(jì)算方法的先驅(qū)，一旦結(jié)構(gòu)已經(jīng)用Forcite進(jìn)行了優(yōu)化，就可以使用DMol3或者CASTEP來研究化學(xué)吸附反應(yīng)。 1. 從純晶體建立金屬表面 (1) 劈開W(100)表面 第一步是載入想要劈開的的晶體結(jié)構(gòu)，在本例中，將使用純鎢(W)。 從菜單欄選擇File | Import，定位到structures/metals/pure-metals并選擇W.msi。 鎢的晶體結(jié)構(gòu)顯示在一個(gè)叫W.xsd的3D Atomistic文件中，現(xiàn)在打開Cleave Surface對話框。 從菜單欄選擇Build | Surfaces | Cleave Surface。 顯示Cleave Surface 對話框，如圖8－1所示。 在晶胞上顯示藍(lán)色的虛線，指出你正在劈開的晶面。這個(gè)信息在Surface Box選項(xiàng)卡頂部也給出了，默認(rèn)的晶面是-1 0 0，它與(1 0 0)晶面是等價(jià)的，所以你不需要改變這一設(shè)置。 為了確保最終的模型能包含氣體分子與鎢原子之間的全部有意義的相互作用，需要改變晶胞的厚度。 增加Fractional Thickness 到2.0。 詳細(xì)內(nèi)容請見： https://www.jishulink.com/content/post/1292685 |
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