 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1385 | 回復(fù): 1 | ||||
yangjun102銀蟲 (小有名氣)
|
[交流]
ifort+openmpi+mkl編譯siesta-4.0.2
|
|
網(wǎng)上看到一些科研工作者編譯siesta-4.0.2有一些疑問，自己試了一下，有一些經(jīng)驗和大家分享。 1.首先是ifort，mkl，openmpi請看zhangguangping的編譯過程http://m.gaoyang168.com/t-1930406-1 2.siesta編譯需要的文件都在Src路徑中，但是軟件是禁止在Src路徑下make的，這是為了避免輸出和輸入文件的混亂。根據(jù)manual，編譯的時候，可在與Src同級的任意名稱的路徑下編譯，這樣的好處是可以編譯不同版本的軟件在不同路徑下。這時可以使用VPATH關(guān)鍵字編譯。（此段描述在manual中有更好的解釋） 3. (1) $ cd home/path/to/siesta-4.0/Obj $ sh ../Src/obj_setup.sh 腳本會將編譯用到的一些文件復(fù)制到Obj文件夾內(nèi)。 (2) $ ../Src/configure --enable-mpi 在Obj文件夾下生成arch.make文件，對其修改如下 SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--unknown FPP= FPP_OUTPUT= FC=mpif90 RANLIB=ranlib SYS=nag SP_KIND=4 DP_KIND=8 KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND) FFLAGS=-g -O2 FPPFLAGS= -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DMPI LDFLAGS= ARFLAGS_EXTRA= FCFLAGS_fixed_f= FCFLAGS_free_f90= FPPFLAGS_fixed_F= FPPFLAGS_free_F90= BLAS_LIBS=-L/home/YourPath/intel/composer_xe_2011_sp1.7.256/mkl/lib/intel64 -lmkl_solver_lp64 -lmkl_intel_lp64 LAPACK_LIBS=-L/home/YourPath/intel/composer_xe_2011_sp1.7.256/mkl/lib/intel64 -lmkl_sequential -lmkl_core BLACS_LIBS=-L/home/YourPath/intel/composer_xe_2011_sp1.7.256/mkl/lib/intel64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64 SCALAPACK_LIBS=-L//home/YourPath/intel/composer_xe_2011_sp1.7.256/mkl/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 COMP_LIBS= NETCDF_LIBS= NETCDF_INTERFACE= LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS) #SIESTA needs an F90 interface to MPI #This will give you SIESTA's own implementation #If your compiler vendor offers an alternative, you may change #to it here. MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a MPI_INCLUDE=/home/YourPath/openmpi-1.4.4/include #Dependency rules are created by autoconf according to whether #discrete preprocessing is necessary or not. .F.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $< .F90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $< .f.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f) $< .f90.o: $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90) $< (3)$ cd MPI 進(jìn)入MPI文件夾修改makefile。 把 ARCH_MAKE_DEFAULT=../arch.make 修改為絕對路徑 ARCH_MAKE_DEFAULT=/home/path/to/siesta-4.0/Obj/arch.make 并添加VPATH關(guān)鍵詞，VPATH=/home/path/to/siesta-4.0/Src/MPI 否則make指令搜索不到編譯用的源文件 然后 $ make (4) cd..回到Obj路徑。查看修改makefile。這里面應(yīng)該已經(jīng)有VPATH=/home/path/to/siesta−4.0/Src。目的同上。然后 make即可生成siesta 4.測試可用。 參考鏈接：https://blog.sciencenet.cn/blog-3126508-1022598.html |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 學(xué)術(shù)用 |
» 猜你喜歡
290求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
工科278分求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
考研一志愿長安大學(xué)材料與化工309分請求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
304求調(diào)劑（085602一志愿985）
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
0856材料與化工309分求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
282分材料專業(yè)求調(diào)劑院校
已經(jīng)有24人回復(fù)
-
材料工程085601調(diào)劑求老師收留
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
化工學(xué)碩306求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
308求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
314求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
yangjun102
銀蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 486.5
- 散金: 24
- 帖子: 248
- 在線: 351.2小時
- 蟲號: 763027
- 注冊: 2009-05-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和
| 附上arch.make |
» 本帖附件資源列表
-
歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲僅提供交流平臺，不對該內(nèi)容負(fù)責(zé)。
本內(nèi)容由用戶自主發(fā)布，如果其內(nèi)容涉及到知識產(chǎn)權(quán)問題，其責(zé)任在于用戶本人，如對版權(quán)有異議，請聯(lián)系郵箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 參考的arch.make
2020-10-12 12:03:45, 1.75 K
2樓2020-10-12 12:03:59
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 yangjun102 的主題更新
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 標(biāo)題:撿漏預(yù)警|08工科/09農(nóng)學(xué)調(diào)劑!英語要求低，過線即有機會! +8 | 馬超放煙花 2026-03-07 | 13/650 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 301求調(diào)劑 +5 | Liyouyumairs 2026-03-11 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿江南大學(xué)085701環(huán)境工程專碩總分287求調(diào)劑 +5 | 18266118446 2026-03-09 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 工科0856專碩化學(xué)工程269能調(diào)劑嗎 +9 | 我想讀研11 2026-03-10 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0857環(huán)境調(diào)劑 +5 | 熠熠_11 2026-03-10 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑，307分 +12 | 張泳銘1 2026-03-09 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 420求調(diào)劑 +3 | 莫向外求11 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 哈工大材料324求調(diào)劑 +6 | 閆旭東 2026-03-10 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 313分生物學(xué)求調(diào)劑 +5 | Yyt楊1 2026-03-09 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 332材料求調(diào)劑 +6 | zjy101327 2026-03-05 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 研究生招生 +3 | 徐海濤11 2026-03-10 | 6/300 |
|
|
|
[碩博家園] 木蟲好像不熱鬧了，是不是？ +4 | 偏振片 2026-03-10 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +4 | 很老實人 2026-03-09 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 293一志愿華東理工 0817化學(xué)工程與技術(shù) 調(diào)劑 +5 | fjj0912 2026-03-07 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 材料與化工 280求調(diào)劑 +3 | Sanity蔣 2026-03-08 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 13853210211 2026-03-08 | 3/150 |
|
|
|
[基金申請] 進(jìn)入個人成果庫好難，一下午都沒進(jìn)去 +6 | mi_dilee 2026-03-05 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料與化工304求B區(qū)調(diào)劑 +4 | 邱gl 2026-03-06 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
 材料工程調(diào)劑
+6
|
zbcm_zbcm 2026-03-05 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 316求調(diào)劑 +3 | 林小星發(fā)大財 2026-03-05 | 5/250 |
|