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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 計算模擬 » 軟件使用與操作 » 【小工具教程】識別結合位點
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【小工具教程】識別結合位點
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用途 采用GHECOM等算法識別蛋白質(zhì)/核酸中潛在的小分子結合位點，輸出文件可用于分子對接定義口袋。 入口 平臺地址：https://cloud.yinfotek.com/ 功能入口：左側菜單欄【計算方案】->【小工具】->【分子結構】->【識別結合位點】 步驟 1.上傳受體文件，點擊【檢測位點】 上傳處理好的蛋白質(zhì)/核酸受體結構文件，可參考【處理PDB結構】。 2.瀏覽位點分布情況 表格上方的標簽為 算法名稱，表中給出了各位點 編號和對應的 容積。點擊某一行，右側視圖即實時顯示位點（用一堆小球展示）的位置。 a.通常來說，容積較大的位點更有可能真正的位點。將受體的表現(xiàn)形式改為 surface，可更直觀展示位點所在的空腔形狀。 b.后期會繼續(xù)增加位點識別算法，通過比較多個算法的位點，提高預測準確度。 3.選擇位點，點擊【下載文件】 該文件可直接用于分子對接定義口袋。 |
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