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葉尋捐助貴賓 (初入文壇)
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[求助]
小白請(qǐng)教前輩如何確定自己分離的致瀉大腸桿菌所屬類群？
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各位蟲(chóng)友好，我實(shí)驗(yàn)室分離了一株致瀉大腸桿菌，現(xiàn)在想知道它是什么型。 查閱文獻(xiàn)結(jié)果：致瀉性大腸桿菌( diarrheagenic E. coli, DEC)。腸道致瀉性大腸桿菌依其致病機(jī)制、臨床表現(xiàn)、流行病學(xué)特征和血清學(xué)分型,可分為5個(gè)群：腸致病性大腸桿菌（enteropathogenic E. coli，EPEC）、腸產(chǎn)毒性大腸桿菌（enterotoxigenic E. coli，ETEC）、腸侵襲性大腸桿菌（enteroinvasive E. coli，EIEC）、腸出血性大腸桿菌（enterohemorrhagic E. coli，EHEC）、腸聚集性大腸桿菌（enterohemorrhagic E. coli，EAEC）。有國(guó)內(nèi)外文獻(xiàn)根據(jù)大腸桿菌中所含有的毒力基因的情況來(lái)進(jìn)行分型，但是相關(guān)文獻(xiàn)較少。目前進(jìn)行了二代測(cè)序，發(fā)現(xiàn)含有EPEC的ent族基因（腸毒素基因）和EHEC的hlyB（溶血素基因），同時(shí)也有16srRNA的進(jìn)化樹(shù)結(jié)果。 想請(qǐng)教各位應(yīng)如何準(zhǔn)確定義該菌，是否需要進(jìn)行血清型測(cè)定，或者用示例中的表述方式；例如：ETEC strain SEC470 (F18, LT+, STa+ and STb+)，作為一名小白也不清楚這里寫(xiě)的菌株號(hào)如何獲得。 另外還想請(qǐng)問(wèn)致瀉性大腸桿菌的分型是否有公認(rèn)的方法？ 感謝各位前輩不吝賜教�。� SCI-5種致病型.png |
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葉尋
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- 蟲(chóng)號(hào): 902493
- 注冊(cè): 2009-11-13
- 專業(yè): 免疫生物學(xué)
3樓2020-10-13 09:17:46
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不要用16s結(jié)果做進(jìn)化樹(shù)，要用全基因組序列為出發(fā)數(shù)據(jù)做進(jìn)化樹(shù)。 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
2樓2020-10-10 08:40:15
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