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| 【懸賞金幣】回答本帖問(wèn)題，作者SGYOONGI將贈(zèng)送您 15 個(gè)金幣 | ||
SGYOONGI新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
lammps 利用wall/region與gcmc的氣體吸附
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我最近在研究gcmc氣體吸附，遇到了些問(wèn)題，望大家指點(diǎn)。 我利用fix wall/region創(chuàng)建吸附劑的虛擬壁面（僅生成空球，并不在其中插入粒子），僅是壁面與插入的氬存在作用力。但是在跑的過(guò)程中出現(xiàn)了兩個(gè)error（1）error：Particle outside surface of region used in fix wall region. fix wall/region似乎是僅對(duì)區(qū)域內(nèi)部的粒子產(chǎn)生作用，我需要將氬插入模擬區(qū)域除去吸附劑球區(qū)域之外的空白區(qū)域，我嘗試了兩種方法，都得到了上面的error，，第一種組合是將region sphere的部分設(shè)置為side in，將十個(gè)球形區(qū)域union起來(lái)，并在region union的部分設(shè)置side out。第二種組合將region sphere的部分設(shè)置為side out，將十個(gè)球形區(qū)域intersect起來(lái)，并在region union的部分設(shè)置side in。 （2）error：Fix gcmc region does not support a bounding box。我在翻閱手冊(cè)時(shí)，看到gcmc僅支持side in的區(qū)域。在后面的fix gcmc命令行我的region只有在設(shè)置成box的時(shí)候才能正常運(yùn)行，但是這就有可能將粒子插入到吸附劑的位置。 請(qǐng)問(wèn)大家有好的方法解決么？ 下面是我的in文件： --------------------------------------------------- #variables available on command line variable mu index -2.3019 variable disp index 0.5 variable temp index 338 variable lbox index 1000 #variable spacing index 7.16 #Initial setup dimension 3 boundary p p p units real atom_style atomic #region region box block 0 ${lbox} 0 ${lbox} 0 ${lbox} units box create_box 1 box #bond/types 1 angle/types 1 include region_805_in region wall union 805 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 side out #include region_1610_out #region empty intersect 805 806 807 808 809 810 811 812 813 814 815 side in fix virtual all wall/region wall lj126 0.5 3.5 10 mass 1 40 # Ar pair_style lj/cut 10 pair_coeff 1 1 0.5 3.405 # MD settings neighbor 2.0 bin neigh_modify every 1 delay 10 check yes timestep 0.5 # atom counts group Ar type 1 variable argon atom "type==1" group argon dynamic Ar var argon variable nAr equal count(argon) compute mdtemp argon temp compute_modify mdtemp dynamic/dof yes fix mdnvt argon nvt temp ${temp} ${temp} 100 fix_modify mynvt dynamic/dof yes #GCMC fix mygcmc Ar gcmc 50 10 10 1 29494 338 -2.3019 0.5 pressure 2 region wall dump 1 all xyz 100 Ar.xyz dump_modify 1 element Ar dump 2 all custom 1000 Ar.txt id type x y z vx vy vz thermo_style custom step temp c_mdtemp press pe ke density atoms v_nAr f_mygcmc[1] f_mygcmc[2] f_mygcmc[3] f_mygcmc[4] f_mygcmc[5] f_mygcmc[6] f_mygcmc[7] f_mygcmc[8] thermo 100 # run run 50000 region_805_in ----------------------------------------------------------------------------------------- region 1 sphere 28.4863 5.734 426.1238 50 side in units box region 2 sphere 626.4573 924.073 834.0556 50 side in units box region 3 sphere 312.044 900.6664 779.2662 50 side in units box region 4 sphere 832.0277 367.2998 802.9256 50 side in units box region 5 sphere 100.646 838.2261 711.4648 50 side in units box region 6 sphere 727.6089 312.7159 60.3109 50 side in units box region 7 sphere 938.8439 107.7248 59.2329 50 side in units box region 8 sphere 82.1218 564.6282 924.574 50 side in units box region 9 sphere 54.4719 904.2225 49.0453 50 side in units box region 10 sphere 631.1203 823.7716 130.8818 50 side in units box region_1610_out --------------------------------------------------------------------------------------------- region 806 sphere 28.4863 5.734 426.1238 50 side out units box region 807 sphere 626.4573 924.073 834.0556 50 side out units box region 808 sphere 312.044 900.6664 779.2662 50 side out units box region 809 sphere 832.0277 367.2998 802.9256 50 side out units box region 810 sphere 100.646 838.2261 711.4648 50 side out units box region 811 sphere 727.6089 312.7159 60.3109 50 side out units box region 812 sphere 938.8439 107.7248 59.2329 50 side out units box region 813 sphere 82.1218 564.6282 924.574 50 side out units box region 814 sphere 54.4719 904.2225 49.0453 50 side out units box region 815 sphere 631.1203 823.7716 130.8818 50 side out units box |
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