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hainu_carl新蟲 (正式寫手)
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[交流]
AutoDock對接 已有3人參與
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本人對AutoDock不是很熟，最近想把一個小分子對接到含底物結(jié)構(gòu)的蛋白上，不知道autodock能不能實(shí)現(xiàn)這樣？也就是說那個蛋白不僅僅只有氨基酸，還有底物這個分子；我在實(shí)操過程中通過file>save來write pdbqt遇到ERROR: Cannot creat the PDBQT file, all atoms do not have an autodock_element field. 不知是autodock本身不能這么做還是我哪里出了問題。還望發(fā)家多多指導(dǎo)，先謝謝大家了 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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2樓2020-10-03 19:56:05
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不能，而且原則上，一個蛋白的最優(yōu)活性口袋只有一個，在已經(jīng)被配體占據(jù)的情況下，很難再結(jié)合另一個，這正是酶或者功能性蛋白的特異性。不知道題主這種對接的意義何在 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2020-10-04 01:27:08
hainu_carl
新蟲 (正式寫手)
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4樓2020-10-04 06:28:35
5樓2020-10-11 20:57:54
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