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kaixinbobo銅蟲 (初入文壇)
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真核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
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| 想要做真菌的有參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，已經(jīng)做了該菌基因組的de nove的二三代聯(lián)用測(cè)序。但是有點(diǎn)不太明白，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序平臺(tái)使用的是二代測(cè)序平臺(tái)，那基因組做三代測(cè)序有什么意義嗎？ |
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kaixinbobo2樓2020-09-24 16:21:12
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3樓2020-09-24 17:02:11
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我覺得你的描述中涉及到兩個(gè)不太相關(guān)的問題，不應(yīng)該兩個(gè)問題混在一起討論。1）二代+三代基因組測(cè)序是一個(gè)問題，二三代一起測(cè)，可以更好的assemble一個(gè)參考基因組。因?yàn)槎鷾y(cè)序很準(zhǔn)，但由于太短（最長(zhǎng)一般也就2*250bp左右），很難解決基因組中的重復(fù)區(qū)域的assemble。三代測(cè)序雖然錯(cuò)誤率比較高，但測(cè)序比較長(zhǎng)，在assemble過程中可以起到指向標(biāo)的作用，幫助解決重復(fù)區(qū)域拼接的問題。2）轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以用二代或三代，但轉(zhuǎn)錄本一般沒有那么長(zhǎng)（三代可以到1Mb以上），且三代的錯(cuò)誤率比較高。因此目前一般用二代測(cè)序轉(zhuǎn)錄組。后續(xù)分析可以用常規(guī)流程：表達(dá)量定量、差異表達(dá)基因?qū)ふ�、功能富集、網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建等。 |
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4樓2020-09-25 09:09:07
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5樓2020-09-25 15:21:20
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理論上講不同平臺(tái)測(cè)出的序列應(yīng)該是一致的（本來就應(yīng)該這樣），但由于平臺(tái)有各自的bias，所以測(cè)出的結(jié)果稍微不同。但這個(gè)不同對(duì)分析結(jié)果的影響有多大，我覺得在不同分析中可能不同，但總體可能沒有那么大的影響。 此外，數(shù)據(jù)已經(jīng)測(cè)了，如果不能重新測(cè)序（換成一致的平臺(tái)），數(shù)據(jù)還是得分析，即不管有沒有影響，你還是得做分析。 所以，我覺得先分析吧，具體的看分析結(jié)果。保持一致的平臺(tái)，可能被質(zhì)疑的概率小一些。 |
6樓2020-09-25 15:58:04
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