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[求助]
關(guān)于namd的求助?，求求高人指點(diǎn) 已有1人參與
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最近剛接觸namd，完全不懂，反復(fù)看了官網(wǎng)的user guide也不怎么懂。想做一個(gè)膜蛋白的動(dòng)力學(xué)模擬，很奇怪的是建好膜（這個(gè)膜最外層是糖基化的，即是LPS)以后，用vmd把蛋白和膜放在一起，用vmd合并生成pdb和psf文件，其中pdb文件里面LPS沒(méi)有生成坐標(biāo)，所以最后可視化圖里面沒(méi)有LPS這一層膜；psf文件生成時(shí)會(huì)報(bào)錯(cuò)no segment named LPS，不能生成psf文件。我不清楚問(wèn)題在哪里，真的不懂，老師每天都在催以前用過(guò)Amber做動(dòng)力學(xué)模擬，沒(méi)接觸過(guò)namd，求求大家指點(diǎn)指點(diǎn) 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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試試用CHARMM-GUI input generator, 里面好像有個(gè)專(zhuān)門(mén)針對(duì)膜蛋白體系的input 和所有你所需的腳本文件的生成。好處是不必你自己動(dòng)手碰VMD ，這個(gè)webserver 會(huì)自動(dòng)輸出你跑NMAD之前的所有需要的輸入文件，同時(shí)保留所有處理的過(guò)程文件，不過(guò)很繁雜，沒(méi)有問(wèn)題的話(huà)不必看那些文件。直接cd 到 charm-gui/namd/ 文件夾開(kāi)始模擬就行。 應(yīng)該非常方便，不過(guò)注意，你可能需要稍微改動(dòng)Charmm-gui 所提供的腳本，一來(lái)需要適應(yīng)你的計(jì)算平臺(tái)，二來(lái)也需要注意*.conf (or *.namd)文件里面的parameter 可能需要稍微調(diào)整，比如使用# cross off some of them or add some if needed. |
2樓2020-11-02 15:12:08
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