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| 【懸賞金幣】回答本帖問(wèn)題,作者mahoumeimei將贈(zèng)送您 20 個(gè)金幣 | |||
mahoumeimei金蟲 (小有名氣)
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[求助]
多條基因序列方向判斷
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請(qǐng)教一個(gè)小白問(wèn)題。 我從NCBI上下載了一批基因序列,請(qǐng)問(wèn)有什么方法可以迅速判斷這些序列的方向性嗎?以至于后面做OTU分析時(shí),不會(huì)因?yàn)樾蛄蟹较蛳喾炊霈F(xiàn)錯(cuò)誤的OTU分組結(jié)果。 |
銅蟲 (初入文壇)
金蟲 (小有名氣)
銅蟲 (初入文壇)
金蟲 (小有名氣)
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非常感謝你的回復(fù)! 我現(xiàn)在的情況是,我下載了多條序列,需要通過(guò)軟件比對(duì)找到這些序列之間的相同區(qū)域以及差異區(qū)域。但是如果我比對(duì)時(shí)這些序列是正負(fù)鏈混在一起的,那么軟件只是客觀地顯示出這些序列的比對(duì)結(jié)果(我用的mega軟件比對(duì)),并不會(huì)自動(dòng)在比對(duì)過(guò)程中調(diào)整序列成為正鏈/負(fù)鏈。而我也不清楚這些序列中哪些是正鏈/負(fù)鏈,所以就無(wú)法正確獲得相同/差異區(qū)域。 你建議的第一點(diǎn),說(shuō)將其與基因組進(jìn)行比對(duì)獲得信息,這對(duì)于我下載的多條序列來(lái)說(shuō),好像操作起來(lái)不是太合適呢(或者我沒(méi)有理解你說(shuō)的操作步驟?)。查詢這個(gè)基因的基本信息,是哪個(gè)信息點(diǎn)會(huì)顯示出正負(fù)鏈呢?我好像在序列頁(yè)面沒(méi)看到相關(guān)信息耶。 還望指教!多謝多謝多謝! |
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