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周三啊鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
關于recenter命令
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請問各位大佬，我在一篇文獻中看到關于CNT吸附在石墨烯上的結構，文獻中提到集合優(yōu)化時在NVE條件下用minimizer命令，之后在X方向移動CNT，并保持CNT的質心保持在一定的X值，測出CNT在X方向上的sliding potential energy traces 。我按照他文獻的過程，先進行minimizer，之后用fix recenter，發(fā)現(xiàn)結果是先執(zhí)行minimizer，此時的CNT的質心已經(jīng)變化了，請問是我的in script哪里出錯了 # Initialization units metal boundary p p p atom_style full processors * * 1 # domain decomposition over x and y # read lammps data file read_data CNT66_f_3.1_AB.data mass 1 12.0107 # carbon mass (g/mole) | membrane mass 2 12.0107 # carbon mass (g/mole) | adsorbate # Separate atom groups group membrane type 1 group adsorbate type 2 ######################## Potential defition ######################## pair_style hybrid/overlay airebo 3.0 ilp/graphene/hbn 16.0 #################################################################### pair_coeff * * airebo CH.airebo NULL C # chemical pair_coeff * * ilp/graphene/hbn BNCH.ILP C C # long range #################################################################### # Neighbor update settings neighbor 2.0 bin neigh_modify every 1 neigh_modify delay 0 neigh_modify check yes ##timestep timestep 0.001 compute cntcom adsorbate com compute gracom membrane com variable cntcomx equal c_cntcom[1] variable cntcomy equal c_cntcom[2] variable cntcomz equal c_cntcom[3] variable gracomx equal c_gracom[1] variable gracomy equal c_gracom[2] variable gracomz equal c_gracom[3] ##minimize thermo 100 velocity adsorbate create 0.1 12345 fix subf membrane setforce 0.0 0.0 0.0 fix thermostat all nve fix fi_com membrane recenter INIT NULL NULL min_style fire minimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 1000 thermo 100 thermo_style custom step etotal pe ke v_cntcomx v_cntcomy v_cntcomz v_gracomx v_gracomy v_gracomz thermo_modify line one format float %.10f thermo_modify flush yes norm no lost warn dump 11 all atom 100 cnt_gra.lammpstrj run 1000 HIU8)FDYZPW~M%(I6TL2523.png |
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