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849621108

新蟲 (小有名氣)

應助: 0 (幼兒園)
金幣: 61.3
帖子: 54
在線: 13.6小時
蟲號: 20040267
注冊: 2019-12-06
性別: MM
專業(yè): 電化學

[求助] QE-ralex計算耗時過高求助

各位老師好，本人用QE對Fe（110）表面吸附膽堿分子（共57個原子）進行優(yōu)化耗時過高已算18小時（36核機子，指定24核進行計算）先前已搭建2層Fe（110）進行優(yōu)化計算，5小時就能算完，結果收斂。不明白為什么加了幾個分子就算的這么費勁了，還請大家?guī)兔Ψ治鲋赋鰡栴}
1. 輸入文件是否需要修改，萌新一枚還需要多多學習
2. 關于K點的設置一直不明白該如何設置，本人只想優(yōu)化后進行自洽計算，得到分子和表面的結合能
3. 看結果已經得到！total energy = ，為何又進行了幾次計算，一直沒結束

輸入文件如下：
&CONTROL
calculation = "relax"
forc_conv_thr =  1.00000e-03
max_seconds =  1.72800e+05
nstep       = 100
outdir       = "./out/"
prefix       = "Fe"
pseudo_dir = "./pseudo/"
/

&SYSTEM
a                      =  8.54435e+00
b                      =  1.20835e+01
c                      =  2.20139e+01
degauss                =  1.00000e-02
ecutrho                =  7.20000e+02
ecutwfc                =  7.10000e+01
ibrav                   = 8
nat                      = 57
nbnd                   = 560
nspin                   = 2
ntyp                   = 5
occupations             = "smearing"
smearing                = "gaussian"
starting_magnetization(1) =  2.00000e-01
/

&ELECTRONS
conv_thr       =  1.00000e-06
electron_maxstep = 200
mixing_beta    =  4.00000e-01
startingpot    = "atomic"
startingwfc    = "atomic+random"
/

&IONS
ion_dynamics = "bfgs"
/

&CELL
/

K_POINTS {gamma}

ATOMIC_SPECIES
Fe    55.84500  Fe.pbe-spn-rrkjus_psl.1.0.0.UPF
C    12.01070  C.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.UPF
O    15.99940  O.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.UPF
H    1.00794  H.pbe-rrkjus_psl.1.0.0.UPF
N    14.00674  N.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.UPF

ATOMIC_POSITIONS {angstrom}
Fe    1.424026 0.000000 3.199978
Fe    0.000000 2.013858 3.199969
Fe    0.000000 0.000000 1.281726  0 0 0
Fe    1.424058 2.013922 1.281726  0 0 0
Fe    1.424028 4.027940 3.199913
Fe    0.000000 6.041766 3.199919
Fe    0.000000 4.027844 1.281726  0 0 0
Fe    1.424058 6.041766 1.281726  0 0 0
Fe    1.424028 8.055592 3.199913
Fe    0.000000  10.069675 3.199969
Fe    0.000000 8.055688 1.281726  0 0 0
Fe    1.424058  10.069611 1.281726  0 0 0
Fe    4.272174 0.000000 3.199966
Fe    2.848090 2.013858 3.199947
Fe    2.848116 0.000000 1.281726  0 0 0
Fe    4.272174 2.013922 1.281726  0 0 0
Fe    4.272174 4.027940 3.199908
Fe    2.848090 6.041766 3.199903
Fe    2.848116 4.027844 1.281726  0 0 0
Fe    4.272174 6.041766 1.281726  0 0 0
Fe    4.272174 8.055592 3.199908
Fe    2.848090  10.069675 3.199947
Fe    2.848116 8.055688 1.281726  0 0 0
Fe    4.272174  10.069611 1.281726  0 0 0
Fe    7.120322 0.000000 3.199978
Fe    5.696258 2.013858 3.199947
Fe    5.696232 0.000000 1.281726  0 0 0
Fe    7.120290 2.013922 1.281726  0 0 0
Fe    7.120320 4.027940 3.199913
Fe    5.696258 6.041766 3.199903
Fe    5.696232 4.027844 1.281726  0 0 0
Fe    7.120290 6.041766 1.281726  0 0 0
Fe    7.120320 8.055592 3.199913
Fe    5.696258  10.069675 3.199947
Fe    5.696232 8.055688 1.281726  0 0 0
Fe    7.120290  10.069611 1.281726  0 0 0
N    5.207106 6.379566 9.490652
C    4.458808 5.274458 8.788986
H    4.466925 5.504868 7.722789
H    5.027292 4.356460 8.939624
C    5.344448 6.105289  10.970915
H    5.871006 6.956905  11.405325
H    4.352568 6.009537  11.406872
H    5.934319 5.200383  11.106221
C    4.542290 7.719280 9.299953
H    3.583093 7.721465 9.812374
H    5.197316 8.476850 9.734927
H    4.399315 7.890241 8.233444
C    6.592575 6.454392 8.891952
H    6.498674 6.693765 7.833590
H    7.072934 5.487661 9.021847
H    7.378590 7.242216 9.160463
C    3.015406 5.040035 9.222742
H    2.962920 4.724101  10.270916
H    2.410084 5.946501 9.101761
O    2.572384 4.009714 8.353457
H    1.673974 3.758595 8.592521

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1樓 2020-09-04 08:33:58

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新蟲 (初入文壇)

應助: 0 (幼兒園)
金幣: 63.5
帖子: 23
在線: 1.7小時
蟲號: 35383602
注冊: 2024-04-20
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結構

打亂對稱性了，算得慢很正常，本來優(yōu)化就是一點一點優(yōu)化的。

發(fā)自小木蟲IOS客戶端

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3樓2024-04-24 23:00:46

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akakcolin

金蟲 (著名寫手)

應助: 3 (幼兒園)
金幣: 685.9
散金: 51
紅花: 2
帖子: 1010
在線: 524.6小時
蟲號: 321213
注冊: 2007-03-10
專業(yè): 力學

你的體系原子比較少，應該用較少的核，比如8核跑就會快，猜測不一定對，您可以嘗試下

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回復此樓

為人應當誠實正直不能心懷叵測心眼明亮才能迎來幸福避開災禍盲目者若有人指點才不會迷失道路若單獨上路就難以保證不誤入岐途

2樓2021-09-12 21:35:28

已閱回復此樓關注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

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