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| 【懸賞金幣】回答本帖問(wèn)題，作者歐陽(yáng)思芊將贈(zèng)送您 10 個(gè)金幣 | ||
歐陽(yáng)思芊銅蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
請(qǐng)問(wèn)Gromacs添加兩親性肽的力場(chǎng)時(shí)pdb2gmx命令不識(shí)別肽鏈上連的小分子怎么處理？
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gromacs新手，想模擬一個(gè)兩親性肽（不到10個(gè)氨基酸+脂肪酸碳鏈）在水中的力場(chǎng)。但是在pdb2gmx命令時(shí)候不能識(shí)別最后c末端的這個(gè)碳鏈，請(qǐng)問(wèn)pdb文件里要怎么修改？ 嘗試了在residuetypes.dat 文件里添加新的殘基種類(lèi)，但是我這個(gè)脂肪酸種類(lèi)不知道寫(xiě)什么。。。蛋白、dna/rna、水、離子都不是，我自己編個(gè)種類(lèi)又報(bào)錯(cuò)。。。求各位大神指導(dǎo)！非常感謝！ 報(bào)錯(cuò)信息： ------------------------------------------------------------------------------ program: gmx pdb2gmx, version 2018.8 source file: src\gromacs\gmxpreprocess\resall.cpp (line 639) fatal error: residue '' not found in residue topology database for more information and tips for troubleshooting, please check the gromacs website at https://www.gromacs.org/documentation/errors ------------------------------------------------------------------------------------- 我知道命名那列不應(yīng)該空著。。。但是我輸入什么好像都不對(duì)。。。  |
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