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使用MolAICal計(jì)算配體和受體結(jié)合能力的vinardo打分函數(shù)
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使用MolAICal計(jì)算配體和受體結(jié)合能力的vinardo打分函數(shù) 更多教程（含英文教程）請(qǐng)見(jiàn)如下： MolAICal官方主頁(yè)：https://molaical.github.io MolAICal 文章介紹：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 1. 簡(jiǎn)介 打分函數(shù)可以用來(lái)評(píng)估藥物分子和受體靶點(diǎn)的結(jié)合能力，vinardo是基于Autodock Vina的打分函數(shù)重新訓(xùn)練的一種打分方式。關(guān)于打分函數(shù)vinardo的介紹，可以閱讀這兩篇文獻(xiàn)(https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 和 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0155183)。在本教程中，選擇Mpro受體及其配體作為研究示例，先使用MolAICal計(jì)算出Mpro蛋白的網(wǎng)格文件，再根據(jù)Mpro的網(wǎng)格文件計(jì)算評(píng)估配體結(jié)合能力的打分函數(shù)vinardo，這個(gè)例子可以推廣到其它蛋白質(zhì)受體。 2. 工具和材料 2.1. 所需軟件 MolAICal: https://molaical.github.io 2.2. 教程示例文件 所有需要的教程文件從以下下載 https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/008-vinardoScore 3. 步驟 在計(jì)算配體的vinardo打分之前，需要生成配體的網(wǎng)絡(luò)文件 #> cd 008-vinardoScore 1) 創(chuàng)建一個(gè)名為“boxPar.dat”的文件，第一行是受體方盒子中心的坐標(biāo)，第二行是受體方盒子的長(zhǎng)度。如下所示： ---------------------------------------- -10.733 12.416 68.829 30.0 30.0 30.0 ---------------------------------------- 2) 執(zhí)行如下命令生成蛋白質(zhì)的網(wǎng)絡(luò)文件 其中“mproNolig.pdb”是不含配體的Mpro蛋白。這個(gè)命令將會(huì)生成名為 “vinardoScore.dat”的文件。 3) 計(jì)算單個(gè)配體的vinardo分?jǐn)?shù) 這個(gè)命令將輸出配體結(jié)合能力的打分值：-6.21 kcal/mol 如果要批量計(jì)算多個(gè)配體的vinardo打分值，可以執(zhí)行以下步驟： #> cd 008-vinardoScore/ligands 1. 在Linux終端中輸入命令“l(fā)s > ligandList.dat”，或在Windows DOS控制臺(tái)中輸入命令“dir /b > ligandList.dat”。打開(kāi)生成的文件“l(fā)igandList.dat”并且刪除無(wú)用的字符。例如，刪除包含字符“l(fā)igandList.dat”的第一行內(nèi)容。確保文件“l(fā)igandList.dat“只包含配體名稱(chēng)。 2. 執(zhí)行如下命令： 將會(huì)生成名為“output.dat”的文件，其中包含批量配體的打分函數(shù)值。 |
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