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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 其他 » 使用MolAICal將分子切割成片段
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使用MolAICal將分子切割成片段
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使用MolAICal將分子切割成片段 更多教程（含英文教程）請見如下： MolAICal官方主頁：https://molaical.github.io MolAICal 文章介紹：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 1. 簡介 在有些情況下需要將配體分子切割成小片段，進而研究其片段特性。MolAlCal 提供了一種根據(jù)可旋轉(zhuǎn)鍵將配體切割成小片段的方法。在本教程中，介紹了MolAICal中片段切割的操作方法。 2. 工具 2.1. 所需軟件下載地址 1) MolAICal: https://molaical.github.io 2.2. 操作示例文件 所有用到的操作教程文件均可在下面的網(wǎng)站下載： https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/013-fragmentSplit 3.操作流程 轉(zhuǎn)至“013-fragmentSplit”文件目錄下： #> cd 013-fragmentSplit 準備輸入文件“l(fā)ist.dat”，“l(fā)ist.dat”文件中包含了配體文件名： 1. 在不進行加氫或去氫操作的情況下將配體分裂成小片段： 2. 將配體分解為小片段并加氫 3. 將配體分解為小片段并去氫 注意: 文件“initial”包含了沒有進行加氫或去氫操作的分子片段。 文件“results”包含運行過“-w”特定命令的文件，其中參數(shù)“-w”表明MolAICal是否進行氫原子的刪除和添加操作。 另外如果想要將切割的片段或配體合并到一個文件中，可使用下面的命令： |
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