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根據(jù)常數(shù)Kd, Ki, pKd或者pKi使用MolAICal計算結(jié)合自由能的操作教程
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根據(jù)常數(shù)Kd, Ki, pKd或者pKi使用MolAICal計算結(jié)合自由能的操作教程 更多教程（含英文教程）請見如下： MolAICal官方主頁：https://molaical.github.io MolAICal 文章介紹：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 1. 簡介 有時我們需要根據(jù)PDBBind數(shù)據(jù)庫提供的常數(shù)Ki, Kd, pKd及pKi 計算體系的結(jié)合自由能[1-3] (例如：訓(xùn)練Vinardo打分函數(shù)時，需要結(jié)合自由能)。在計算結(jié)合自由能前，我們先引入表格1中所示的國際通用單位制 (SI) 。許多實驗室及文獻中使用的 mol/dm3與mol/L表示同一數(shù)量級 (也可命名為“M”)。例如： mol/m3 = 10−3 mol/dm3 = 10−3 mol/L = 10−3 M = 1 mmol/L = 1 mM. 表 1. 摩爾濃度單位表 "millimolar" 和 "micromolar" 分別表示 mM (10−3 mol/L) 和 μM (10−6 mol/L)。摩爾濃度相關(guān)的詳細信息請參考網(wǎng)站： https://en.wikipedia.org/wiki/Molar_concentration 本教程提供了一種在常數(shù)Ki, Kd, pKd 或pKi已知的條件下，用MolAICal計算結(jié)合自由能的簡便方法。 2. 工具 2.1. 所需軟件下載地址 1) MolAICal: https://molaical.github.io 2.2. 操作示例文件 所有用到的操作教程文件均可在下面的網(wǎng)站下載： https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/010-pkdEnergy 3. 操作流程 轉(zhuǎn)至“010-pkdEnergy”文件目錄下： #> cd tutorial\010-pkdEnergy 打開文件“INDEX_refined_data.2018” , 此文件內(nèi)容來自 PDBBind 數(shù)據(jù)庫, 第四欄表示 pKd或者 pKi，第五欄表示Ki 或Kd。 1) 用pkd (pkd = -logKd 或 pki = -logKi) 計算結(jié)合自由能, 使用默認溫度: 298.15 K 2) 用pkd (pkd = -logKd or pki = -logKi)計算結(jié)合自由能，使用指定溫度。 3) 用含濃度單位的Kd或Ki計算結(jié)合自由能，默認單位為M (mol/L) 4）用Kd或Ki計算結(jié)合自由能，濃度單位設(shè)為pm 更多關(guān)于結(jié)合自由能計算的描述，請參考MolAICal說明書。 參考文獻 1. Wang R, Fang X, Lu Y et al. The PDBbind database: collection of binding affinities for protein-ligand complexes with known three-dimensional structures, Journal of Medicinal Chemistry 2004;47:2977-2980. 2. Kim R, Skolnick J. Assessment of programs for ligand binding affinity prediction, J Comput Chem 2008;29:1316-1331. 3. Karney CF, Ferrara JE, Brunner S. Method for computing protein binding affinity, J Comput Chem 2005;26:243-251. |
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