 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1553 | 回復(fù): 2 | |||
[交流]
使用MolAICal快速進(jìn)行從頭藥物設(shè)計(jì) 已有1人參與
|
|
使用MolAICal快速進(jìn)行從頭藥物設(shè)計(jì) 更多教程（含英文教程）請見如下： MolAICal官方主頁：https://molaical.github.io MolAICal 文章介紹：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 簡介 本教程選擇Mpro作為研究實(shí)例來介紹MolAICal從頭藥物設(shè)計(jì)的功能。Mpro的晶體結(jié)構(gòu)已經(jīng)被科學(xué)家解析出來 (PDB ID: 6LU7, 6Y2F, etc)（如圖1所示），具體實(shí)例可以參考：https://molaical.github.io/quickstart.html 圖1. 蛋白受體mpro的結(jié)構(gòu) 工具 1. 所需軟件下載地址 1) MolAICal: https://molaical.github.io 2) UCSF Chimera: https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ 請確保軟件的正確安裝。 2. 示例文件 軟件操作教程中示例文件下載地址如下： https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/000-quickStart 操作流程 1. 下載并打開教程文件“InputParFile.dat”文件, 本教程需要對四個參數(shù)進(jìn)行修改，修改內(nèi)容如下: ------------------------------------------------------------------------------------------ receptorPDB mproNolig.pdb startFragFile startFrag.mol2 centerPoints -10.733 12.416 68.829 boxLengthXYZ 30.0 30.0 30.0 ------------------------------------------------------------------------------------------- 將“receptorPDB” 設(shè)置為無配體結(jié)合的Mpro結(jié)構(gòu)文件。將“startFragFile”設(shè)置為初始片段�！癱enterPoints”和“boxLengthXYZ” 分別代表盒子中心和長度。 2. 下載并打開教程文件夾“000-quickStart”, 運(yùn)行如下命令: 結(jié)果 計(jì)算結(jié)果保存在名為“001-AIGrow/results”的文件夾中�！癆statisticsFile.dat”文件記錄了所設(shè)計(jì)配體的contain ID, Name, Cluster, Affinity, Formula, InChIKey等信息。此文件只是對結(jié)果的一個簡單演示，不含完整運(yùn)算結(jié)果。完整結(jié)果可以在所有運(yùn)算結(jié)束后獲得。打開蛋白受體的配體N3晶體結(jié)構(gòu)文件ligand.mol2，及軟件生成的配體結(jié)構(gòu)文件lig_11.mol2，如圖2所示: 圖2. 軟件設(shè)計(jì)的Mpro配體結(jié)構(gòu)（白色）和Mpro抑制劑N3的晶體結(jié)構(gòu)（紅色） |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
307求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
收調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
315食品工程求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
研究生招生
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
材料與化工，291，求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
0817一志愿蘇州大學(xué)280復(fù)試調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
求調(diào)劑 一志愿蘇州大學(xué)，0856化工323分 | 本科應(yīng)化 | 有專利/競賽/科研助手經(jīng)歷 |
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
085602化工求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
083000環(huán)境科學(xué)與工程調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
求材料讀博院校
已經(jīng)有9人回復(fù)
xufund
至尊木蟲 (知名作家)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 18237.5
- 散金: 20
- 紅花: 5
- 帖子: 6734
- 在線: 811.7小時
- 蟲號: 311488
- 注冊: 2006-12-30
- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
2樓2020-12-26 19:54:57
3樓2021-01-15 21:02:13
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 MolAICal 的主題更新
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 315食品工程求調(diào)劑 +3 | Oreov0 2026-03-06 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 313分生物學(xué)求調(diào)劑 +4 | Yyt楊1 2026-03-09 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料與化工求調(diào)劑 +10 | 與冬清寧 2026-03-07 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 家人們 調(diào)劑不迷路 看這里 +8 | likeihood 2026-03-09 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 新疆大學(xué)地質(zhì)與礦業(yè)工程學(xué)院招生 +24 | another12 2026-03-04 | 32/1600 |
|
|
|
[考研] 310 070300化學(xué)求調(diào)劑 +4 | 撲風(fēng)鈴的貓 2026-03-08 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 【求調(diào)劑】293分環(huán)境工程求調(diào)劑材料/化工，服從調(diào)劑，抗壓能力強(qiáng)！ +13 | xiiiia 2026-03-04 | 14/700 |
|
|
|
[考博] 申博 +5 | 添菜了哈 2026-03-04 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿中科大能動297求調(diào)劑，本科川大 +4 | 邵11 2026-03-03 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0817化學(xué)工程與技術(shù)312分求調(diào)劑 +7 | T123 tt 2026-03-04 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 化學(xué)305分求調(diào)劑 +3 | 0703楊悅305分 2026-03-05 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工（高分子）290分求調(diào)劑 +9 | wengyujian 2026-03-04 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +3 | 馳光絕景 2026-03-04 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +6 | vuzhdkfjkx 2026-03-04 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 考研282分求調(diào)劑，接受跨專業(yè) +4 | 劉淄博 2026-03-04 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +5 | ws 上岸鴨 2026-03-05 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 22408-273求調(diào)劑-擔(dān)任3個項(xiàng)目的負(fù)責(zé)人-1篇國際期刊論文（一作）1篇核心期刊論文在投。 +3 | 沒想好取什么名 2026-03-03 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +3 | 將未有期 2026-03-04 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +6 | 等春來， 2026-03-04 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 281求調(diào)劑 +3 | 我是小小蔥蔥 2026-03-03 | 5/250 |
|