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常熟的月亮新蟲 (初入文壇)
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[交流]
關于單機安裝LAMMPS和VASP的問題，可以進來看看喔，避免入坑。
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 LAMMPS的安裝：田文德的安裝步驟 較為新，https://blog.sciencenet.cn/blog-798373-1013010.html 其中要注意幾個點1.此版本為單機并行版本非串行 2. 在安裝環(huán)境依賴前務必利用which 查看是否已經存在依賴 如which g++,which mpic++等。3. 在田文得的步驟2中需要安裝mpi-default-* 事實上你在運行apt-get install mpi-default-*時會出現xxxx依賴沖突xxxxxxx,其實lammps所需要的的不需要那么多mpi-default前綴的依賴包，只需要mpi-default-dev和mpi-default-bin 你只需要安裝這兩個就行。4. 對于libjpeg-* 由于Ubuntu14版本后不再支持，請在/etc/apt/resource.list中最后一行添加libjpeg-12.0的包源deb https://cz.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial main 然后保存關閉 sudo apt update, sudo apt upgarde, sudo apt install libjpeg12-0即可安裝。5. 對于你不需要用到的包在make.ubuntu中進行適當刪除 如jpeg跟png部分。6. 最后進行測試 cd到安裝包的example的位置，例如colloid文件中 運行 mpirun -np 你想用的線程數 lmp_ubuntu < in.colloid 進行測試 ，成功說明可以。 Vasp的安裝：本人建議使用vasp5.4.4版本，Intel的函數工具版本為parallel_studio_xe_2019_update5_custer_deition.taz版本以上，此工具需要去Intel官方網站自行注冊下載。教程https://www.bilibili.com/read/cv3794759 其中需要注意的：1. 基本上按照那個教程都能安裝成功vasp并行。2 對于成功安裝后的測試 推薦官方的HG原子測試包 benchmark.Hg.tar.gz百度即可，到處可以下載，打開 找到IN-long文件 改名為INCAR 在該文件目錄下打開終端 輸入 mpirun -np 線程數 vasp（vasp取決于你自己修改的名字，有的人是vasp.stb） 運算成功即可。 重點來了，重點來了，重點來了 如果你在同一個單機Ubuntu中安裝了lammps與vasp，不管先后順序，你在運行時就會大幾率出現。mpirun 運行程序時能計算 但是只有一個程序可以多線程計算（怎么看 自己學習結果文件的內容），其實這是由于mpi的版本造成的，你的Ubuntu事實上存在了兩個以上的mpirun程序。細心地人可以看出在安裝lammps時我們使用的是openmpi所支持的mpirun程序，在安裝vasp時我們使用的是Intelmpi支持的mpirun，而你的軟件是用哪個mpi編譯的就必須使用對應的mpirun程序進行命令提交。打開命令終端輸入 locate mpirun 你會發(fā)現你有至少兩個mpirun 目錄中存在intel字眼的是 vasp使用的mpirun，一般/usr/bin下面的mpirun為lammps的。所以有以下幾個解決方法：1. 環(huán)境變量隨時重置法：在你運行不同的程序前 到 /home/你的用戶名/.bashrc中添加各自的mpirun的環(huán)境變量 如lammps的即為 export PATH=/usr/bin:$PATH vasp的加載方法類似 只不過需要將lammps的刪除在添加。。。在添加完環(huán)境變量后記得source .bashrc。。。2。 第二種解決方法 無論安裝vasp還是lammps都只使用openmpi進行編譯，但是步驟有點繁瑣說實話，這個方法也就是網上有些教程中為什么不使用intel的mpi的原因，就是害怕多mpi帶來的各種問題，當然知道第二種方法的也就不會是小白了 。。。 （此處不需要關注）給本文添加搜索引擎問題分類：1 by 1 by 1 MPI processor grid 1×1×1 MPI處理器網格 單線程運算，lammps并行計算失敗，vasp并行計算失敗，無法使用多線程。 |
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