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使用MolAICal計算分子合成可行性預測、類藥五原則和PAINS的教程 已有2人參與
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使用MolAICal計算分子合成可行性預測、類藥五原則和PAINS的教程 更多教程（含英文教程）請見如下： MolAICal官方主頁：https://molaical.github.io MolAICal 文章介紹：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161 MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.html MolAICal blogspot：https://qblab.blogspot.com 1. 簡介 在本教程中，我們將介紹藥物合成可行性預測，Lipinski's rule of five（里賓斯基五規(guī)則）和PAINS的計算方法。藥物可合成性（SA）可用于預測化合物的合成難度。里賓斯基五規(guī)則也被稱為類藥五原則（RO5），是一種用來估計類藥性或評估一種化合物是否具有藥理或生物活性的法則。PAINS全稱是Pan Assay Interference Compounds，指對大多數(shù)測試有干擾的化合物，PAINS大致分為兩類：對第一類來說，化合物在測試濃度下在溶液中形成膠體，蛋白被包裹在膠體中，底物因此無法接近酶的活性中心，因此這些化合物屬于假陽性化合物；對于第二類來說，這些化合物的活性基團可以與蛋白受體形成共價作用，進而導致受體受到抑制，但這種抑制很難逆轉(zhuǎn)，同時這些具有PAINS性質(zhì)的配體可以與大多數(shù)靶點發(fā)生反應，缺乏特異性。如果藥物相關(guān)文章要投稿到Journal of Medicinal Chemistry等雜志，它們可能要求PAINS的計算，此時，可以使用MolAICal來計算PAINS。 2. 材料和工具 2.1. 軟件需求 MolAICal: https://molaical.github.io 2.2. 示例文件 所有需要的教程文件可以從以下鏈接下載 https://github.com/MolAICal/tutorials/tree/master/009-SA_Ro5_Pains 3. 步驟 3.1. 可合成性（SA）預測計算 你可以通過分子的SMILES序列計算SA，使用如下命令： 或者你可以在一個包含許多SMILES序列的文件中計算配體的SA 注意：化合物SA的值越大，表明該化合物越易于合成。 3.2. 類藥五原則計算 單個配體的RO5計算如下 如果要計算多個配體的Lipinski's rule of five，可以按以下步驟進行： 1. 在Linux的控制臺中使用命令 “l(fā)s > mol2List.dat”，或在Windows的DOS控制臺中使用命令“dir /b > mol2List.dat”。打開生成的文件“mol2List.dat”并且刪除所有無用的字符。確保文件“mol2List.dat” 只包含配體的名稱。 2. 執(zhí)行如下命令： 將會生成名為“result.dat”的文件，其中包含大量的RO5值。關(guān)于RO5的更多細節(jié)，請參閱MolAICal手冊。 3.3. PAINS計算 具有SMILES或mol2格式的單個配體可計算如下： 如果你想要計算多個配體的PAINS，可以執(zhí)行以下步驟： 對于SMILES格式： 對于Mol2格式： #> cd “009-SA_Ro5_Pains/pains/mol” 1. 在Linux控制窗口使用命令“l(fā)s > mol2List.dat”，或者在Windows的DOS窗口使用命令“dir /b > mol2List.dat”。打開生成的文件“mol2List.dat”并且刪除所有無用的字符。確保文件“mol2List.dat”中只包含配體的名稱。 2. 執(zhí)行如下命令： 將會生成名為“mol2Result.txt”的文件，其中包括所有配體的PAINS信息。 注意：建議使用SMILES格式進行PAINS的計算。 |
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