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生信自學(xué)網(wǎng)鐵蟲 (小有名氣)
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ceRNA聯(lián)合免疫細(xì)胞浸潤(rùn)(GDCRNATools) 已有1人參與
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ceRNA聯(lián)合免疫細(xì)胞浸潤(rùn)(GDCRNATools) --生信自學(xué)網(wǎng) 今天我們要講解ceRNA網(wǎng)絡(luò)的新思路，將ceRNA與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)聯(lián)合起來,并且構(gòu)建免疫細(xì)胞的預(yù)后模型。在前面的課程里面，我們也有關(guān)于ceRNA網(wǎng)絡(luò)的課程，一般的套路是先做lncRNA、miRNA、mRNA的差異分析，然后通過數(shù)據(jù)庫(kù)找出lncRNA-miRNA-mRNA之間的關(guān)聯(lián)，之后構(gòu)建lncRNA和mRNA競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合miRNA的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。今天我們要介紹的是GDCRNATools R包，這個(gè)包將這些復(fù)雜的工作進(jìn)行了簡(jiǎn)化，通過幾句簡(jiǎn)單R命令，就可以完成ceRNA構(gòu)建的所有步驟。 通過GDCRNATools包，我們可以完成ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的一整套流程。首先我們可以通過GDCRNATools直接進(jìn)行數(shù)據(jù)下載，并且數(shù)據(jù)是官網(wǎng)最新的數(shù)據(jù)。下載好了數(shù)據(jù)之后，GDCRNATools包分別對(duì)lncRNA、miRNA、mRNA進(jìn)行差異分析。然后通過GDCRNATools內(nèi)置的數(shù)據(jù)庫(kù)，找到lncRNA-miRNA-mRNA之間的關(guān)聯(lián)。最后，我們可以通過GDCRNATools包，直接得到cytoscape需要的輸入文件。 ceRNA聯(lián)合免疫細(xì)胞浸潤(rùn)，軟件準(zhǔn)備，轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)下載，轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)整理，轉(zhuǎn)錄組id轉(zhuǎn)換，臨床數(shù)據(jù)下載，臨床數(shù)據(jù)提取，miRNA數(shù)據(jù)下載，miRNA數(shù)據(jù)合并，miRNA數(shù)據(jù)id轉(zhuǎn)換，GDCRNATools，GDCRNATools2，ceRNA輸入文件準(zhǔn)備，ceRNA可視化，網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)表達(dá)和生存數(shù)據(jù)合并，ceRNA節(jié)點(diǎn)生存分析，基因模型構(gòu)建，基因模型生存曲線和ROC曲線，基因列線圖和校準(zhǔn)曲線，免疫細(xì)胞浸潤(rùn)，免疫細(xì)胞柱狀圖，免疫細(xì)胞熱圖，免疫細(xì)胞差異分析，免疫細(xì)胞臨床相關(guān)性分析，免疫細(xì)胞和生存數(shù)據(jù)合并，免疫細(xì)胞生存分析（KM），免疫細(xì)胞模型構(gòu)建，免疫細(xì)胞模型生存曲線和ROC曲線，免疫細(xì)胞列線圖和校準(zhǔn)曲線，免疫細(xì)胞風(fēng)險(xiǎn)熱圖，免疫細(xì)胞相關(guān)性分析，共表達(dá)分析。 01.png 02.png 03.png 04.png 05.png 06.png 07.png 08.png 09.png 10.png 11.png 12.png |
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2樓2021-04-01 00:03:21
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