7樓: Originally posted by sophie丁 at 2020-08-05 01:53:45
由于本人是剛?cè)腴T的小白，我想請教一下，采用MMFF94力場進(jìn)行構(gòu)象搜索后再采用高斯進(jìn)行運(yùn)算，或直接采用高斯優(yōu)化，得到的最穩(wěn)態(tài)結(jié)構(gòu)有什么區(qū)別？
...

結(jié)構(gòu)簡單的話如果你自己可以一下子給出所有可能的構(gòu)象的初始結(jié)構(gòu)交給高斯去算，當(dāng)然就不需要構(gòu)象搜索。而如果結(jié)構(gòu)復(fù)雜，高斯又只能優(yōu)化出最接近你給的初始結(jié)構(gòu)的那個(gè)能量低點(diǎn)，這樣就很可能會(huì)漏掉一些構(gòu)象（即使有更低能量的構(gòu)象，高斯可能也會(huì)錯(cuò)過。因?yàn)樗惴ㄉ细咚怪荒芨鶕?jù)初始結(jié)構(gòu)來搜尋勢能面低點(diǎn)，但不確保找到的低點(diǎn)是能量的全局最低點(diǎn)）。構(gòu)象搜索并不是可以讓優(yōu)化更準(zhǔn)或怎么樣的。只是幫你提供給高斯所有可能的構(gòu)象的初始結(jié)構(gòu)。這樣防止漏掉一些構(gòu)象而已。

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sophie丁

8樓2020-08-05 15:03:15

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sophie丁

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8樓: Originally posted by paramecium86 at 2020-08-05 15:03:15
結(jié)構(gòu)簡單的話如果你自己可以一下子給出所有可能的構(gòu)象的初始結(jié)構(gòu)交給高斯去算，當(dāng)然就不需要構(gòu)象搜索。而如果結(jié)構(gòu)復(fù)雜，高斯又只能優(yōu)化出最接近你給的初始結(jié)構(gòu)的那個(gè)能量低點(diǎn)，這樣就很可能會(huì)漏掉一些構(gòu)象（即使有 ...

好的，謝謝。了解了，謝謝！因?yàn)榇_實(shí)跟文獻(xiàn)進(jìn)行了對(duì)比，直接用高斯算出來的能量確實(shí)比文獻(xiàn)中采用力場進(jìn)行預(yù)優(yōu)化再采用高斯進(jìn)行計(jì)算時(shí)能量要高的多。但是我現(xiàn)在采用了open babel 的MMFF94 力場進(jìn)行預(yù)優(yōu)化后，分子的結(jié)構(gòu)出現(xiàn)了變形，直接脫離了

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9樓2020-08-05 15:17:38

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4樓: Originally posted by qinzhong6138 at 2020-08-01 16:12:50
xtb +molcus做高溫動(dòng)力學(xué)退火

好的，謝謝。準(zhǔn)備嘗試一下～

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10樓2020-09-03 21:34:02

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