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wangyinran金蟲 (小有名氣)
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[求助]
求助單茂金屬配合物的過渡態(tài)，茂環(huán)不旋轉(zhuǎn)的問題 已有1人參與
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尋找烯烴配位到單茂金屬配合物上的過渡態(tài)，由于茂環(huán)不是對(duì)稱的，環(huán)戊二烯上取代了四個(gè)甲基和一個(gè)三甲基硅基，我在尋找過渡態(tài)時(shí)，看優(yōu)化過程發(fā)現(xiàn)茂環(huán)并沒有沿著茂環(huán)中點(diǎn)與中心金屬的連線轉(zhuǎn)動(dòng)，盡管這樣找出來的過渡態(tài)的振動(dòng)方向和IRC都符合預(yù)期。但茂環(huán)的位置會(huì)影像能量計(jì)算，怎樣才能找到最低點(diǎn)呢？ 輸入文件和輸出文件已經(jīng)提供。 求解該如何應(yīng)對(duì)？ |
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2020-07-17 16:30:17, 3.68 M
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2樓2020-07-17 23:52:08
wangyinran
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人為旋轉(zhuǎn)過，能量確實(shí)有變化。具體為向左旋轉(zhuǎn)90度，再計(jì)算過渡態(tài)，發(fā)現(xiàn)優(yōu)化過程中茂環(huán)沒有旋轉(zhuǎn)，位阻會(huì)導(dǎo)致茂環(huán)上的取代基鍵角變化，能量增加了1.5kcal/mol。其他角度還沒試。我不想人為地去一點(diǎn)點(diǎn)的調(diào)角度。 如何確定最低點(diǎn)？當(dāng)前無法做剛性掃描，是因?yàn)樾枰诿h(huán)中心設(shè)置一個(gè)虛原子，保存為內(nèi)坐標(biāo)后無法找到對(duì)應(yīng)的二面角，在atom list里也無法將虛原子添加到我想要的二面角里。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2020-07-18 01:02:44
paramecium86
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4樓2020-07-18 01:23:04
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