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fengrui826新蟲 (小有名氣)
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[求助]
sander讀取NetCDF格式rst文件失敗
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各位老師好！求助前輩們一個(gè)問題：我用amber18進(jìn)行動(dòng)力學(xué)模擬時(shí)，用sander做了能量最小化，然后用最小化的重開始文件(.rst)作為升溫系統(tǒng)的輸入文件，然后out文件報(bào)錯(cuò)："getting box info from netcdf restart file"。把.rst換用未能量最小化的inpcrd文件就可以正常運(yùn)行命令，把.rst換成.nc，.rst7仍報(bào)錯(cuò)。請問這個(gè)問題是什么原因呢？ 我的min.in文件如下： &cntrl imin=1,maxcyc=2000,ncyc=1000, cut=10, ntx=1, ntpr=100, ntc=2,ntf=2, igb=2,saltcon=0.1, ntr=1, restraint_wt=0.5, restraintmask=':1-190', / 我的heat.in文件如下： &cntrl imin=0, ntx=1, irest=0, nstlim=2500, dt=0.002, ntc=2, ntf=2, ntt=3, gamma_ln=2.0, tempi=0.0, temp0=50.0, ntpr=500, ntwx=500, ntb=1, saltcon=0.1, / min計(jì)算得到的rst文件也能生成PDB文件，但是rst文件在作為升溫的輸入文件時(shí)總是過不去。求助前輩們，請問是什么原因呢？謝謝您能幫忙解答。 |
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fengrui826
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3樓2022-11-18 20:41:59
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