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共氧新蟲 (初入文壇)
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[求助]
請問plumed這樣的報(bào)錯(cuò)到底是哪里出現(xiàn)了問題呢？
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我在兩個(gè)計(jì)算平臺上提交計(jì)算作業(yè)，安裝的qe和plumed版本相同，所有的input中的參數(shù)質(zhì)變換了溫度，但是其中一個(gè)計(jì)算平臺上報(bào)錯(cuò)如下，另一個(gè)計(jì)算平臺上則能夠正常運(yùn)行，百思不得其解求大佬指點(diǎn)一二。 報(bào)錯(cuò)如下： PLUMED: ################################################################################ PLUMED: PLUMED: PLUMED: +++ PLUMED error PLUMED: +++ at Action.cpp:242, function void PLMD::Action::error(const string&  constPLUMED: +++ message follows +++ PLUMED: ERROR in input to action COM with label COMhe : You are trying to compute a CENTER or COM but ma sses are not known.PLUMED: If you are using plumed driver, please use the --mc option PLUMED: PLUMED: ################################################################################ 這里因?yàn)槲业膒lumed.dat文件如下： UNITS LENGTH=A ENERGY=1312.7501 TIME=fs COMhe: COM ATOMS=1-64 COMh: COM ATOMS=65-192 dhe: DISTANCES GROUPA=COMhe GROUPB=1-64 MEAN dh: DISTANCES GROUPA=COMh GROUPB=65-192 MEAN METAD ... ARG=dhe.mean,dh.mean SIGMA=0.5,0.5 HEIGHT=1.0 PACE=5 GRID_MIN=0,0 GRID_MAX=6,6 GRID_SPACING=0.1,0.1 BIASFACTOR=10.0 TEMP=4000.0 LABEL=metad ... METAD PRINT ARG=dhe.mean,dh.mean,metad.* STRIDE=10 即我選取了兩種原子的質(zhì)心和各個(gè)原子距離的平均值作為CVs。 看報(bào)錯(cuò)的意思是我沒有給出原子質(zhì)量，但我在qe的input里面有標(biāo)明原子的質(zhì)量和贗勢啊，而且我不是分析軌跡不用plumed driver。并且在另一個(gè)計(jì)算平臺上可以運(yùn)行，所以就是想不明白到底是哪里出現(xiàn)了問題。 |
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