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s07060785新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
得到一株菌的全基因組，怎么知道和哪個(gè)已公布的菌株關(guān)系最近？ 已有2人參與
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請(qǐng)問(wèn)能否在NCBI上提交全基因組進(jìn)行blast？ 提交部分序列的話到是能出結(jié)果，但提交不同序列結(jié)果也不一樣，我想最準(zhǔn)的應(yīng)該是全基因組blast，但提交后網(wǎng)頁(yè)總是刷新出不來(lái)結(jié)果，1小時(shí)后網(wǎng)頁(yè)就出錯(cuò)了。不知是我這個(gè)思路不對(duì)，還是目前的技術(shù)不支持？是不是有其他的方法？ |
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3樓2020-06-23 20:53:12
nanhu1984
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2樓2020-06-23 17:57:53
hhaidong
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【答案】應(yīng)助回帖
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先比較16S或18S，同源性高的菌種下載基因組序列，在線分析ANI和GGDC JSpecies Web Server (https://jspecies.ribohost.com/jspeciesws) genome-to-genome distance calculator (GGDC) website (https://ggdc.dsmz.de/distcalc2.php) |
4樓2020-07-01 09:22:50
dlzhao516
至尊木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
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5樓2020-10-12 01:54:11
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