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small28新蟲 (著名寫手)
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[交流]
配體處理方法 已有1人參與
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請(qǐng)問(wèn)一下，如果做auto dock vina對(duì)接，配體該如何處理，看到有文獻(xiàn)用DS軟件直接prepare處理，也有在ADT里加氫，加電荷，設(shè)置旋轉(zhuǎn)鍵的，兩種方法都分別試過(guò)，打分不一樣，如果配體是短肽，自己畫的，該用哪種比較靠譜呢，如果用DS，就是加了力場(chǎng)，而ADT里處理沒(méi)有加力場(chǎng)的吧 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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4樓2020-03-08 23:27:15
2樓2020-03-08 00:58:27
small28
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但是看了一些教程，沒(méi)有進(jìn)行能量?jī)?yōu)化，只對(duì)小分子加電荷和設(shè)置鍵的旋轉(zhuǎn)，這樣會(huì)對(duì)結(jié)果有影響么 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2020-03-08 11:05:22
small28
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好的，謝謝您的解答，但是我用vina對(duì)接時(shí)配體優(yōu)化能量時(shí)反而沒(méi)有不優(yōu)化時(shí)的打分好，請(qǐng)問(wèn)這是為什么呢 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
5樓2020-03-10 15:07:15
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