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關(guān)關(guān)雎鳩113新蟲 (小有名氣)
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[求助]
ERROR: Numeric index is out of bounds 已有1人參與
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我建了8000個水分子模型，弛豫時出現(xiàn)錯誤 ERROR: Numeric index is out of bounds (../angle_harmonic.cpp:174) Last command: angle_coeff 1 55 104.52 我修改了angle_coeff的系數(shù)，錯誤還在，請各位大神幫我看一下文件哪里錯了，非常感謝 in文件和data文件在附件，謝謝 |
回復(fù)此樓» 本帖附件資源列表
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2020-02-27 20:37:18, 1.6 M
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| 你附件中只有data文件，沒有in文件。另外我看你data文件中的 Atoms # full下面的數(shù)據(jù)有點奇怪，第二列是分子編號？ |
2樓2020-02-28 21:45:41
關(guān)關(guān)雎鳩113
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是的，第二列是分子編號。in文件補上，希望可以看一下錯誤在哪里，謝謝 dimension 3 boundary p p p units real atom_style full read_data water8000.data neighbor 2 bin neigh_modify delay 0 every 1 pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.1546 8.5 pair_coeff 1 * 0 0 pair_coeff 2 2 0.1852 3.1589 bond_style harmonic bond_coeff 1 450 0.9527 angle_style harmonic angle_coeff 1 55 104.52 kspace_style pppm/tip4p 1.0e-4 minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000 fix 1 all shake 0.0001 20 10 b 1 a 2 variable t equal 300.0 velocity all create ${t} 12345 rot yes mom yes dist gaussian thermo 100 thermo_style custom step cpu etotal ke pe evdwl ecoul elong temp press vol density dump 1 all atom 100 dump.lammpstrj fix 2 all npt temp $t $t $(100*dt) iso 1 1 800 timestep 1 run 20000 write_restart restart1.file |
3樓2020-03-05 15:06:38
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4樓2020-03-05 23:23:19
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