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Mr_ANZ新蟲 (小有名氣)
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[求助]
gromacs示例求助 已有1人參與
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如題，gromacs中文教程初學(xué)者，做溶菌酶那個(gè)到nvt平衡那一步產(chǎn)生tpr文件時(shí)老是出錯(cuò)，具體如下，求大佬指點(diǎn)一下，，， Command line: gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr Ignoring obsolete mdp entry 'title' Setting the LD random seed to 1818880411 Generated 330891 of the 330891 non-bonded parameter combinations Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5 Generated 330891 of the 330891 1-4 parameter combinations Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Protein_chain_A' turning all bonds into constraints... Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL' turning all bonds into constraints... Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL' Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'CL' turning all bonds into constraints... Setting gen_seed to -691171019 Velocities were taken from a Maxwell distribution at 300 K Removing all charge groups because cutoff-scheme=Verlet ------------------------------------------------------- Program: gmx grompp, version 2018.1 Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/grompp.cpp (line 2008) Fatal error: Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r). From GROMACS-2018, you need to specify the position restraint coordinate files explicitly to avoid mistakes, although you can still use the same file as you specify for the -c option. For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors |
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8樓2020-01-06 11:49:57
112233ssg
新蟲 (著名寫手)
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所加原子的個(gè)數(shù)和top里面的數(shù)量沒對(duì)應(yīng)上，可能有些分子沒加進(jìn)去，在加分子時(shí)的命令上最后用try試試 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2019-12-24 11:37:19
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4樓2020-01-02 14:23:59
gmx模擬
新蟲 (初入文壇)
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- 金幣: 100
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- 注冊(cè): 2019-11-01
- 專業(yè): 其他無(wú)機(jī)非金屬材料
5樓2020-01-02 20:45:05
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