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wuyong123新蟲 (初入文壇)
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[求助]
Gaussian進行柔性勢能面掃描求助。
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最近老師安排了一個任務(wù)，就是用Gaussian的勢能面掃描方法得到乙烷穿過石墨炔膜的勢能曲線。老師也不太會這個東西，我自己也是一兩個月毫無進展，所以來小木蟲有勞各位大神求助了，總之想得到的結(jié)果就是讓乙烷穿過這個石墨炔膜，然后得到勢能曲線圖，我自己看了一些類似帖子。有一篇文章給了一個范例，是用addgic的方法算的，將水和氮氣的幾何中心找出來，然后改變幾何中心的距離進而改變兩個分子之間的距離，具體輸入文件如下： # b3lyp/tzvp em=gd3bj opt=addgic Title Card Required 0 1 N -2.09851100 -0.04510800 0.06118400 N -1.02140600 0.07296400 -0.07499500 O 1.65885690 -0.14665701 0.01859668 H 1.94081190 0.77130999 0.08101768 H 0.70784690 -0.10669701 -0.12803832 X 1.43583857 0.17265199 -0.00947465 X -1.55995850 0.01392800 -0.00690550 XH2O(inactive)=XCntr(3-5) YH2O(inactive)=YCntr(3-5) ZH2O(inactive)=ZCntr(3-5) XN2(inactive)=XCntr(1,2) YN2(inactive)=YCntr(1,2) ZN2(inactive)=ZCntr(1,2) scan(StepSize=0.1,NSteps=10)=sqrt[(XH2O-XN2)^2+(YH2O-YN2)^2+(ZH2O-ZN2)^2]*0.529177 結(jié)果確實讓兩個分子距離加大了。我就仿照這個方法找到乙烷幾何中心，石墨炔幾何中心，然后提交輸入文件：#p opt=addgic bp86/6-31g(d,p) empiricaldispersion=gd3bj Title Card Required 0 1 C -4.00017400 -1.61977000 -0.27356400 C -4.31037800 -0.21222300 -0.27358200 C -5.66961000 0.19074300 -0.27629400 C -6.69537700 -0.75483400 -0.27922900 C -6.39172900 -2.13163400 -0.27923100 C -5.06351500 -2.55765000 -0.27629100 H -5.89386900 1.26081400 -0.27576400 H -7.73784300 -0.42331600 -0.28129700 H -7.19820000 -2.87077900 -0.28127300 H -4.81656400 -3.62270900 -0.27574300 C -2.65239200 -2.05628500 -0.27186100 C -1.48693700 -2.42830500 -0.27259700 C -0.18099800 -2.84163000 -0.27260900 C 0.98600000 -3.20789900 -0.27190500 C 2.33985100 -3.62621200 -0.27359400 C 2.66996100 -5.00526600 -0.27630200 C 3.40298700 -2.65301300 -0.27364000 C 4.00150200 -5.42075500 -0.27921500 H 1.85513100 -5.73422700 -0.27575900 C 4.74652700 -3.10554800 -0.27632500 C 5.04178200 -4.46933900 -0.27921200 H 4.23575900 -6.48939500 -0.28129600 H 5.54597700 -2.35973200 -0.27577300 H 6.08510500 -4.79810200 -0.28126400 C -3.27172300 0.74965500 -0.27182200 C -2.36924500 1.57888200 -0.27256500 C -1.36068600 2.50077400 -0.27263600 C -0.45444000 3.32516200 -0.27195800 C 0.59730300 4.27340200 -0.27357500 C 0.31676000 5.66337900 -0.27633600 C 1.97126100 3.83828700 -0.27352300 C 1.34986400 6.60083900 -0.27925800 H -0.72900500 5.98234400 -0.27587200 C 2.99974600 4.81425300 -0.27626500 C 2.69382200 6.17567800 -0.27923700 H 1.11275100 7.66883000 -0.28137500 H 4.03870500 4.47375600 -0.27574900 H 3.50217400 6.91272800 -0.28132500 C 3.10737000 -1.27045100 -0.27207900 C 2.84534300 -0.06897400 -0.27263300 C 2.55241200 1.25947700 -0.27257800 C 2.28497600 2.45948200 -0.27188900 C -0.00016700 -0.00007300 2.16662900 H -1.00083600 -0.22054800 1.76066600 H 0.69103900 -0.75649100 1.76071100 C -0.00004000 -0.00009700 3.69956900 H -0.30974300 -0.97924600 4.10473800 H 1.00288300 0.22121000 4.10451700 H -0.69302900 0.75778400 4.10477700 H 0.30923600 0.97675000 1.76070700 X -0.00010350 -0.00008500 2.93309900 X 0.00003870 0.00020630 -0.27359300 X 0.81137141 0.16066655 -0.33657842 X 1.56072138 0.30845410 -0.47451825 X 2.28216905 0.44778016 -0.37518526 XC1(inactive)=XCntr(43,46) YC1(inactive)=YCntr(43,46) ZC1(inactive)=ZCntr(43,46) XC2(inactive)=XCntr(1,17,29) YC2(inactive)=YCntr(1,17,29) ZC2(inactive)=ZCntr(1,17,29) scan(StepSize=-0.2,NSteps=12)=sqrt[(XC1-XC2)^2+(YC1-YC2)^2+(ZC1-ZC2)^2]*0.529177 輸出文件沒有動態(tài)的結(jié)果，所以急求大神幫忙解答這個問題。什么方法都行，只要能讓乙烷穿過石墨炔，或者靠近石墨炔都可以。有大神幫助必有額外重謝��！ @jiewei 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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