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Yolanda9288新蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
VMD怎樣建立兩個(gè)磷脂雙分子層
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就是怎樣創(chuàng)建兩層脂質(zhì)膜，疊在一起，membrane插件只能建一層，望大神指導(dǎo) 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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4樓2019-12-31 16:19:34
★
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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| 太簡(jiǎn)單了，VMD 建一層，再建一層，移動(dòng)到你制定的位置就行了啊 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
2樓2019-11-28 12:30:00
Yolanda9288
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 60.3
- 散金: 20
- 紅花: 1
- 帖子: 56
- 在線: 11.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 6669809
- 注冊(cè): 2017-06-02
- 專業(yè): 生物醫(yī)學(xué)系統(tǒng)建模及仿真
送紅花一朵 |
謝謝，根據(jù)你的提示，我建了兩層膜，移動(dòng)到指定位置后，需要合并兩個(gè)pdb，根據(jù)小木蟲(chóng)上的帖子修改segname： mol new popc.pdb mol addfile popc.psf set allsel [atomselect top all] $allsel set segname NEW $allsel writepdb popc-2.pdb $allsel writepsf popc-2.psf 然后再合并 package require psfgen resetpsf readpsf popc.psf coordpdb popc.pdb readpsf popc-2.psf coordpdb popc-2.pdb writepsf popc_dw.psf writepdb popc_dw.pdb 老是報(bào)錯(cuò)： Unable to add (duplicate?) residue NEW:1 是不是修改segname出錯(cuò)了？？查了半天，也沒(méi)找到方法，望大神再耐心指導(dǎo)一下，本人剛接觸NAMD，毫無(wú)頭緒 |
3樓2019-12-03 10:31:11
★
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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5樓2020-01-02 17:23:22
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