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zhizhuceyici

金蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
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蟲號(hào): 4078417
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專業(yè): 固體力學(xué)

[求助] siesta計(jì)算提示 forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred

大家好，siesta軟件可以成功編譯而且大部分情況能夠正常計(jì)算，但是有時(shí)候會(huì)報(bào)錯(cuò)誤：
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image             PC             Routine          Line       Source
siesta_eig       000000000068FAD0  Unknown             Unknown  Unknown
siesta_eig       000000000068F3A1  Unknown             Unknown  Unknown
siesta_eig       000000000052B4D6  Unknown             Unknown  Unknown
siesta_eig       00000000008F0787  Unknown             Unknown  Unknown
siesta_eig       000000000042E50C  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       0000003AF641D994  Unknown             Unknown  Unknown
siesta_eig       000000000042E419  Unknown             Unknown  Unknown

我已經(jīng)在小木蟲上搜索過相關(guān)的帖子，嘗試過把a(bǔ)rch.make里面的-g -O* 優(yōu)化調(diào)小或者加上-heap-arrays 64，也嘗試過在～／.bashrc文件中加入ulimit -s unlimited。但是都沒有，總是得到內(nèi)存的問題。此外，同樣的輸入文件在臺(tái)式機(jī)上單節(jié)點(diǎn)計(jì)算是沒有問題的，所以應(yīng)該還是和MPI有關(guān)。

我貼出我的arch.make文件如下：
.SUFFIXES:
.SUFFIXES: .f .F .o .c .a .f90 .F90

SIESTA_ARCH = x86_64

CC = mpiicc
FPP = $(FC) -E -P
FC = mpiifort
FC_SERIAL = ifort

#FFLAGS = -O2 -fPIC -ftree-vectorize --heap-arrays
FFLAGS = -g -O1 -fPIC #-heap-arrays 64

AR = ar
RANLIB = ranlib

SYS = nag

SP_KIND = 4
DP_KIND = 8
KINDS = $(SP_KIND) $(DP_KIND)

LDFLAGS =

COMP_LIBS = libsiestaLAPACK.a libsiestaBLAS.a

#FPPFLAGS = $(DEFS_PREFIX)-DFC_HAVE_ABORT
FPPFLAGS = -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH $(DEFS_PREFIX) -DFC_HAVE_ABORT

LIBS = -L/apps/intel/mkl/10.1.1.019/lib/em64t -lmkl_intel_lp64 -lmkl_lapack -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_gnu_thread -lmkl_core -lguide -lpthread -lgomp -lgfortran

MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=.

# Dependency rules ---------

FFLAGS_DEBUG = -g -O1 # your appropriate flags here...
#FFLAGS_DEBUG =

# The atom.f code is very vulnerable. Particularly the Intel compiler
# will make an erroneous compilation of atom.f with high optimization
# levels.
atom.o: atom.F
      $(FC) -c $(FFLAGS_DEBUG) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $<

.c.o:
      $(CC) -c $(CFLAGS) $(INCFLAGS) $(CPPFLAGS) $<
.F.o:
      $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<
.F90.o:
      $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<
.f.o:
      $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
      $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<

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我們不計(jì)較麥穗的飽滿是在哪一天。

1樓 2019-11-22 17:09:50

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hpc422

新蟲 (初入文壇)

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樓主，解決問題了嘛？

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2樓2023-06-12 10:29:03