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初學者入門16s擴增子高通量測序分析之固態(tài)硬盤
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隨著高通量測序費用的不斷降低，微生物的擴增子測序分析已經(jīng)應用到了各個學科當中。但很多從事其它學科的學生對16s擴增子測序的分析并不十分熟悉，因此網(wǎng)絡上出現(xiàn)了很多教程和視頻來幫助初學者進行學習。盡管如此，但學習這些教程有一個前提，那就是首先得擁有一個可以進行分析練習的平臺。獲取分析平臺可以有多種途徑： 安裝虛擬機來練習，其實安裝虛擬機練習擴增子測序分析是最便宜的選擇。但虛擬機運行對計算機內(nèi)存和cpu的性能要求較高，否者分析的時間會較長，不能充分發(fā)揮出計算機的硬件性能。 自己搭建，自己安裝linux系列的操作系統(tǒng)，安裝qiime軟件等其它需要的諸多分析軟件，對一個初學者而言往往要消耗大量的時間在這個準備階段。而且還需要配置一個額外的電腦或者安裝雙系統(tǒng)，前者需要耗費較多的資金，后者則有影響自己工作系統(tǒng)的風險。 購買公司服務器，這個方案最方便，性能也最好，不過需要花費較多的金錢。如果課題組能夠報銷，這是一個不錯的選擇。不過它也有一定的缺點，比如上傳文件到服務器要看網(wǎng)速，一般16s的數(shù)據(jù)都是gb級別的，如果網(wǎng)速太慢，上傳和下載都不太方便。而且服務器的使用一般有一定時限，一年過去后又要重新付款。 當理想與現(xiàn)實有落差時就產(chǎn)生了需求，有需求就會有人去提供服務來滿足這種需求。那有沒有一種性價比高的選擇方案呢，當然是有的。 16s擴增子高通量測序分析固態(tài)硬盤是對以上三個方案進行的折中，非常適合初學者入門使用。該硬盤已經(jīng)將需要使用的系統(tǒng)和軟件都安裝完成，無需在進行繁瑣的前期準備工作，節(jié)約大量的時間可以將更多的精力集中在后續(xù)的分析學習中，這是最重要的。在分析性能上能相當于自己在電腦中安裝的系統(tǒng)，能充分發(fā)揮電腦的硬件性能，不會像虛擬機那樣只能使用一部分的計算資源。分析性能與公司提供的服務器有一定差距，這與我們的電腦的cpu和內(nèi)存有關(guān)，但對于16s的分析已經(jīng)完全夠用了。它一個很大的特點就是，它可以在任意一臺電腦（需要支持uefi啟動，近十年來大部分電腦都支持）上運行。辦公室的臺式機，出差的輕薄本，宿舍的游戲本，好朋友的macbook都可以運行。硬盤中也提供一些基本的分析教程，從atgattag這樣的序列分析到alpha和beta多樣性，保證入門16s分析。如果需要做功能基因的分析，其實流程都是一樣的，只需更換相應的對比數(shù)據(jù)庫即可。 補充一下該分析硬盤涉及的一些電腦小常識哈： 1.電腦是如何啟動的？ 電腦的系統(tǒng)（win10/ios/linux等）都是儲存在硬盤上的，當開機時電腦會根據(jù)主板bios中設置的啟動順序（harddisk、usb、cd、network）進行啟動。當harddisk為第一啟動項時，電腦就會直接啟動安裝在電腦里面的硬盤（也就是我們自己的系統(tǒng)）。當我們把usb設置為第一啟動項時，電腦就會識別u盤里面的系統(tǒng)（也就時這個硬盤的系統(tǒng)啦，有usb轉(zhuǎn)接頭的），然后加載到內(nèi)存中，供cpu讀取。 2.為什么ubuntu系統(tǒng)（linux）可以任意更換電腦進行usb啟動，而windows不行？ 因為ubuntu不想windows那樣會存在驅(qū)動不兼容的問題。比如說，對windows系統(tǒng)而言，a硬盤在a電腦中運行后，放在b電腦后會因為驅(qū)動不兼容的原因造成系統(tǒng)崩潰，無法正常啟動。但對于基于linux的ubuntu系統(tǒng)而言，因為linux是開源免費的，就不會存在驅(qū)動不兼容的問題，因而可以在很多的電腦上正常運行，非常適合使用usb啟動。 3.usb啟動該硬盤會影響原來的硬盤的系統(tǒng)嗎？ 當然不會，使用usb啟動這個擴增子分析硬盤后，電腦上的硬盤就相當于插進去的u盤了，只要自己不隨意刪除這個“u盤”里面的文件自然不會有任何影響。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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