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lyq123456新蟲 (正式寫手)
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[求助]
人的IgG CDR3區(qū)pcr引物設(shè)計求教 已有1人參與
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第一次接觸抗體引物設(shè)計，不會設(shè)計，求教大神指點(diǎn)。怎么設(shè)計IgG的CDR3區(qū)域引物？去哪里能找到恒定區(qū)FR1和FR4的序列？求大神指點(diǎn)，感謝�。。� @wizardfan 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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lyq123456
新蟲 (正式寫手)
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CDR3的種類變化不是最多嗎，如果想對BCR測序的話是不是只需要擴(kuò)一下CDR3的序列就可以？如果針對CDR3設(shè)計引物，應(yīng)該設(shè)計在FR3和FR4兩側(cè)是嗎？另外，想請問可以直接利用IMGT數(shù)據(jù)庫找到引物還是可以像NCBI一樣通過序列自己設(shè)計引物？沒有找到IMGT數(shù)據(jù)庫的簡單易懂的教程，不是很熟悉這個，能麻煩說的詳細(xì)一些嗎？萬分感謝�。�！ 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
3樓2019-08-14 15:26:11
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2樓2019-08-13 17:16:19
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西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2019-08-21 21:47:47
西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2019-08-21 21:47:47
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如果是bcr測序從文獻(xiàn)找引物更多，race方法做，反向引物從c區(qū)設(shè)計，擴(kuò)增的文庫用miseq或hiseq測，只關(guān)注cdr3，就不用測通了。imgt可以找c區(qū)序列自己設(shè)計引物，文獻(xiàn)里找更快吧，而且肯定都可以用。很多東西都可以做bcr測序，包括擴(kuò)增和分析的 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2019-08-14 17:50:27
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西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2019-08-21 21:48:07
西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2019-08-21 21:48:07
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不從fr3和fr4設(shè)計是因?yàn)檫@些區(qū)域并不是很保守，只是相對cdr區(qū)域變化比較少，如果在這段設(shè)計引物肯定要用到多重引物和多重pcr，如果自己引物設(shè)計的不好會出現(xiàn)明顯的偏倚，這對cdr3多樣性的分析非常不利，除非能設(shè)計一套很好的引物，有一些公司就是這么做的，所以建議從保守的c區(qū)設(shè)計引物，單引物擴(kuò)增，偏好性比較小，引物從文獻(xiàn)中找更快一些。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
5樓2019-08-14 18:04:16
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