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戲劇新蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
gromacs用于FEP計(jì)算問(wèn)題，求高手指點(diǎn)迷津
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本人在用gromacs進(jìn)行自由能擾動(dòng)（FEP）模擬時(shí)候，得出的結(jié)果居然高達(dá)-400KBT（主要是Coulombic貢獻(xiàn)的），這條多肽僅有9個(gè)氨基酸。核心參數(shù)如下，請(qǐng)高手指點(diǎn)一下。 ; Free energy control stuff free_energy = yes init_lambda_state = LAMBDA_STATE delta_lambda = 0 calc_lambda_neighbors = 1 ; only immediate neighboring windows couple-moltype = Protein_chain_C ; Vectors of lambda specified here ; Each combination is an index that is retrieved from init_lambda_state for each simulation ; init_lambda_state 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 49 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 vdw-lambdas = 0.00000 0.00100 0.01000 0.05000 0.10000 0.20000 0.30000 0.40000 0.50000 0.60000 0.70000 0.80000 0.90000 0.95000 0.99000 0.99900 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 ;1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 ; 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 coul-lambdas = 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00100 0.01000 0.05000 0.10000 0.20000 0.30000 0.40000 0.50000 0.60000 0.70000 0.80000 0.90000 0.95000 0.99000 0.99900 1.00000 ; 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 ;restraint-lambdas = 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.000000 0.00000 ; 0.00001 0.00010 0.00100 0.01000 0.05000 0.10000 0.20000 0.30000 0.40000 0.50000 0.60000 0.70000 0.80000 0.90000 0.95000 0.99000 0.99900 0.99990 0.99999 0.999999 1.00000 couple-lambda0 = none couple-lambda1 = vdw-q ; Options for the decoupling sc-alpha = 0.5 sc-coul = no ; linear interpolation of Coulomb (none in this case) sc-r-power = 6 sc-sigma = 0.3 nstdhdl = 100 ld_seed=-1 |
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