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Bachelor.木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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mcsqs
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有誰(shuí)知道m(xù)csqs具體怎么用么，特別是-2-3的選擇，以及最后如何選擇一個(gè)最好的結(jié)構(gòu) 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
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13樓2019-07-27 13:06:15
liuqiang68
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15樓2019-07-27 14:31:52
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Bachelor.(金幣+2): 謝謝參與
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-2=[real] Maximum distance between two points within a pair (Default: 0) -3=[real] Maximum distance between two points within a triplet (Default: 0) -4=[real] Maximum distance between two points within a quadruplet (Default: 0) -5=[real] Maximum distance between two points within a quintuplet (Default: 0) -6=[real] Maximum distance between two points within a sextuplet (Default: 0) 我問(wèn)過(guò)作者，選擇pair, triplet, quadruplet 的大小，不同的研究里面也沒(méi)有統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)。雖然說(shuō)越大越好，但是太大了也非常影響計(jì)算時(shí)間。我讀過(guò)的一些文章里面，最多是用到second nearest pairs，second nearest triplets，還有second nearest quadruplets。 評(píng)定它的混亂程度看你的target function 和你的correlation function 的差值是多少，這個(gè)差值越低越好。 |
19樓2019-07-29 21:03:06
Bachelor.
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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請(qǐng)問(wèn)你所說(shuō)的差值，是值得bestcorr.out第五列的值么？我理解的objective function表示的含義就是目標(biāo)關(guān)聯(lián)函數(shù)和實(shí)際模擬出來(lái)的差值，你看對(duì)么 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
20樓2019-07-29 21:09:02
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是的，是第五列。 我忘了他在哪里說(shuō)過(guò)，單看objective function = xxxx這一個(gè)數(shù)值好像是沒(méi)有什么參考價(jià)值。 一個(gè)比較的方法是，按照1st NN pair, 2nd NN pair ...這樣的順序，把第五列的值加起來(lái)。 例子： 2 2.528850 0.111111 0.111111 -0.000000 2 2.537153 0.111111 0.111111 -0.000000 2 3.582210 0.111111 0.111111 -0.000000 2 3.582210 0.111111 0.111111 -0.000000 3 2.537153 0.037037 0.037037 -0.000000 3 2.537153 0.037037 0.037037 -0.000000 這里有1st NN pair （第一第二行）, 2nd NN pair （第三第四行）, 1st NN triplet （第五第六行）. 分別加起來(lái)�？吹谖辶屑悠饋�(lái)的數(shù)，比較齊第三列加起來(lái)的數(shù)。我看的文章都有報(bào)道這些數(shù)字，如果他們相差很遠(yuǎn)，那就是一個(gè)可以接受的SQS。具體是多少的話其實(shí)還沒(méi)有標(biāo)準(zhǔn)。SQS能大就大一些，畢竟這樣更加接近ideal solution，在不犧牲太多計(jì)算時(shí)間的情況下，盡量大一些（60個(gè)以上吧）。多做幾個(gè)SQS，比較他們之間這些值，在他們之間選一個(gè)合適的。對(duì)于這些correlation function difference的值，我自己的經(jīng)驗(yàn)是correlation function difference/correlation function < 某個(gè)值。這個(gè)值在不同系統(tǒng)是不一樣的。沒(méi)有人做過(guò)這方面的研究，也只能看經(jīng)驗(yàn)。 |
25樓2019-07-29 23:38:51
Bachelor.
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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我這里找到了誤差分析的方法，只是這個(gè)誤差值多少還有點(diǎn)不確定，至少我能做出一個(gè)大致判斷了 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
26樓2019-07-30 07:28:57
aabuzhangjun
新蟲(chóng) (知名作家)
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28樓2019-07-30 15:34:04
30樓2020-05-20 15:17:30
簡(jiǎn)單回復(fù)
nono20092樓
2019-07-25 09:46
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小蘑菇づ3樓
2019-07-25 10:14
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youngen4樓
2019-07-25 10:45
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德安緣科技5樓
2019-07-25 11:24
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tzynew9樓
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ckxbear10樓
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muzi010411樓
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2019-07-26 15:42
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小蘑菇づ17樓
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yh050423樓
2019-07-29 22:55
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tangbohejin24樓
2019-07-29 23:16
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追夢(mèng)的流年27樓
2019-07-30 07:29
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youngen29樓
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