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qcy6830100新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
[AMBER] Error in Box Dimension
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各位大神大家好： 我是一個(gè)Amber初學(xué)者，我的體系是蛋白+膜+水的盒子體系，蛋白是β2AR主體來(lái)自晶體2RH1，但是我用Modeller補(bǔ)全了長(zhǎng)32個(gè)殘基的ICL3區(qū)域，膜是POPC，水層厚度一開(kāi)始是12Å。體系經(jīng)過(guò)最小化，從0-310K的NVT加溫，然后11次的NPT Hold過(guò)程平衡周期性邊界條件。然后在運(yùn)行了20ns的production之后，出現(xiàn)了以下錯(cuò)誤。 “ERROR: Calculation halted. Periodic box dimensions have changed too much from their initial values. Your system density has likely changed by a large amount, probably from starting the simulation from a structure a long way from equilibrium. [Although this error can also occur if the simulation has blown up for some reason] The GPU code does not automatically reorganize grid cells and thus you will need to restart the calculation from the previous restart file. This will generate new grid cells and allow the calculation to continue. It may be necessary to repeat this restarting multiple times if your system is a long way from an equilibrated density. Alternatively you can run with the CPU code until the density has converged and then switch back to the GPU code.” 之后我檢查了我的體系密度，發(fā)現(xiàn)密度沒(méi)有發(fā)生很大的改變。但是盒子的尺寸變化很大，因?yàn)镮CL3這個(gè)環(huán)形區(qū)域柔性很大，所以它的運(yùn)動(dòng)導(dǎo)致盒子的z軸維數(shù)變大了70埃。于是我將水盒厚度增加到了15埃，這時(shí)候我成功的跑完了200ns的cMD，但是我接著跑aMD之后，在aMD運(yùn)行了一段時(shí)間后又出現(xiàn)了以上那種報(bào)錯(cuò)。我又去檢查我的密度和盒子尺寸，但是這次兩者變化都很小。之后我又restart了一下那個(gè)暫停的結(jié)構(gòu)，但是它很快又報(bào)了同樣的錯(cuò)。我將水盒厚度增加到了17埃之后，跑aMD也報(bào)同樣的錯(cuò)。 求問(wèn)大家有沒(méi)有碰到同樣的錯(cuò)誤的人，你們的解決方法是什么。求問(wèn)amd大佬，amd會(huì)不會(huì)不適用于這種有很大柔性區(qū)域的體系模擬？@smutao@oxox6085 |
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