 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 778 | 回復(fù): 2 | |||
[交流]
10x Genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組+ISO-seq深入了解流感病毒感染細(xì)胞間異質(zhì)性 已有2人參與
|
|
近期，美國西雅圖華盛頓大學(xué)基因組科學(xué)系russell等研究人員采用10x genomics chromium單細(xì)胞技術(shù)聯(lián)合iso-seq檢測了感染細(xì)胞中所有流感病毒基因的完整轉(zhuǎn)錄本序列，發(fā)現(xiàn)感染細(xì)胞的病毒粒子在基因表達(dá)上有突變或缺陷。該研究同時確定了幾種增加誘導(dǎo)ifn表達(dá)的病毒缺陷類型，且表明病毒多樣性對于充分解釋流感感染期間細(xì)胞間異質(zhì)性是不充分的。相關(guān)結(jié)果以single-cell virus sequencing of influenza infections that trigger innate immunity為題發(fā)表在journal of virology上。 流感病毒感染過程中，ifn在感染細(xì)胞中很少表達(dá)，研究者開發(fā)了一套獨(dú)特的富集罕見ifn+細(xì)胞的流程，利用10x genomics chromium最終獲取約1500個人肺部上皮細(xì)胞（ifn+和ifn-）分別進(jìn)行單細(xì)胞rna-seq及iso-seq檢測，umi標(biāo)記的ccss與illumina 3’端測序reads結(jié)合分析，可以確定單個細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組及所有病毒基因的完整序列。 290個感染細(xì)胞中病毒mrna分布非常不均勻:許多受感染的細(xì)胞只有來自病毒的百分之幾的mrna，但是病毒mrna包含了細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的一半以上。其中162個細(xì)胞表達(dá)所有8個病毒基因。盡管病毒基因的絕對表達(dá)有很大的差異，但它們的相對表達(dá)是相當(dāng)一致的。 病毒基因表達(dá)最高的感染細(xì)胞(其65%的mrna來自病毒)中病毒粒子表達(dá)所有8個未突變的病毒基因，無法誘導(dǎo)ifn產(chǎn)生。其他12個細(xì)胞（至少有50%的mrna來自病毒）被具有突變或無法表達(dá)病毒基因的病毒粒子感染，5個細(xì)胞產(chǎn)生ifn。所有病毒粒子感染的細(xì)胞都不能表達(dá)病毒聚合酶復(fù)合物的組分(pb2、pb1、pa或np)，因此病毒mrna的表達(dá)量較低，因?yàn)樗鼈儍H限于利用進(jìn)入的蛋白質(zhì)進(jìn)行初級轉(zhuǎn)錄。表達(dá)ifn最多的兩個細(xì)胞缺乏編碼ns基因。其他ifn+細(xì)胞也有不同的缺陷，如細(xì)胞內(nèi)大量內(nèi)部缺失或氨基酸突變。 為了系統(tǒng)的評估和感染結(jié)果相關(guān)的病毒特征，研究者選擇150個感染細(xì)胞分為兩組，一組表達(dá)所有8個未突變的病毒基因(不考慮同義突變)，另一組不表達(dá)。病毒缺陷是造成病毒轉(zhuǎn)錄異質(zhì)性的主要原因。一些病毒缺陷有助于誘導(dǎo)ifn的表達(dá)。不完全或完全突變的病毒粒子感染的細(xì)胞比表達(dá)所有未突病變病毒基因的病毒粒子感染的細(xì)胞表達(dá)ifn的頻率更高，盡管這種差異在統(tǒng)計學(xué)上并不顯著。而對于某些類型的病毒缺陷，ifn+細(xì)胞顯著富集pb1中的ns缺失和氨基酸突變�？偟膩碚f，ifn+細(xì)胞中病毒基因表達(dá)增加，表明自分泌ifn信號通常發(fā)生得太晚，無法抑制病毒轉(zhuǎn)錄。單個ifn+細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)的病毒缺陷可導(dǎo)致ifn表達(dá)增加。 在單細(xì)胞中識別的不同范圍的免疫刺激病毒缺陷通過不同的過程起作用，病毒的變異不僅影響誘導(dǎo)ifn表達(dá)的速度，而且影響誘導(dǎo)ifn表達(dá)的因素。 人類流感感染是由少數(shù)病毒粒子建立的，這些病毒粒子隨后經(jīng)歷指數(shù)級增長，通過旁分泌信號放大早期ifn反應(yīng)。早期的先天免疫誘導(dǎo)異質(zhì)性可能會影響整個感染過程。本研究最大價值不僅僅是對誘導(dǎo)ifn表達(dá)的病毒缺陷的篩查，更是對單個感染細(xì)胞中病毒變異的詳細(xì)調(diào)查。任何病毒缺陷均沒有誘導(dǎo)ifn表達(dá)的特定途徑。病毒遺傳缺陷并不能完全解釋感染細(xì)胞之間的異質(zhì)性，隨機(jī)的或預(yù)先存在的細(xì)胞狀態(tài)也在先天免疫誘導(dǎo)中發(fā)揮重要作用。 原文鏈接：https://jvi.asm.org/content/early/2019/05/02/jvi.00500-19，更多信息見 http://www.tjbiochip.com/templates/second/index.aspx?nodeid=364 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
散金，國自然面上中標(biāo)
已經(jīng)有177人回復(fù)
-
有沒有研究遷移體或外泌體的前輩呀
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
中藥學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有184人回復(fù)
-
2025年山東省自然科學(xué)基金
已經(jīng)有103人回復(fù)
-
中國中藥雜志可以添加共同第一作者嗎�。。。。�！
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
2026年動脈粥樣硬化/巨噬細(xì)胞/自噬 相關(guān)方向申博，已第一作者發(fā)表論文，求導(dǎo)師收留
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
2026年畢業(yè) 腫瘤/生信/心血管 方向申博求助 已發(fā)表實(shí)驗(yàn)性論文
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
2026年基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)/心血管/巨噬細(xì)胞相關(guān)方向申博或相同方向的科研助理
已經(jīng)有3人回復(fù)
|
頂一下，感謝分享 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2019-05-24 06:37:36
q1277562453
銀蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 601
- 帖子: 93
- 在線: 5.6小時
- 蟲號: 2644888
- 注冊: 2013-09-10
- 性別: MM
- 專業(yè): 植物遺傳學(xué)
3樓2019-06-11 17:22:47
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 生物小蟲007 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0703求調(diào)劑 +4 | c297914 2026-03-06 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 材料專碩調(diào)劑 +5 | 慕辰123 2026-03-05 | 8/400 |
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +7 | cgyzqwn 2026-03-01 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +7 | 倘若起風(fēng)了呢 2026-03-05 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +5 | forgman95 2026-03-05 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中科技大學(xué)，化學(xué)專業(yè)344分，求調(diào)劑 +7 | 邢xing1 2026-03-02 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 282求調(diào)劑 +7 | 夕～日 2026-03-05 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 紡織、生物、化學(xué)、材料等專業(yè) +3 | Eember. 2026-03-05 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +3 | 曼殊2266 2026-03-04 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0856材料與化工，270求調(diào)劑 +17 | YXCT 2026-03-01 | 20/1000 |
|
|
|
[考研] 材料與化工，291分，求調(diào)劑 +9 | 咕嚕咕嚕123123 2026-03-04 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 070300化學(xué) 280 一志愿太原理工 求調(diào)劑 +8 | 拾玖壹 2026-03-04 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑材料學(xué)碩 +6 | 詞凝Y 2026-03-02 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿鄭州大學(xué)，學(xué)碩，物理化學(xué)， 333求調(diào)劑 +5 | 李魔女斗篷 2026-03-04 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 347分電子信息專碩求調(diào)劑 +3 | 咕嘟咕嘟1 2026-03-03 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 331求調(diào)劑 +3 | zzZ&zZ 2026-03-03 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703 總分319求調(diào)劑 +4 | Xinyuu 2026-03-02 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
材料270求調(diào)劑
 6+6
|
Eiiiio 2026-03-01 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 0856化工專碩求調(diào)劑 +15 | 董boxing 2026-03-01 | 15/750 |
|
|
|
[基金申請] 此成果不能導(dǎo)入原因：元數(shù)據(jù)必填信息不完整，可 進(jìn)行補(bǔ)充。 +4 | Kittylucky 2026-03-02 | 5/250 |
|