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Recycled新蟲 (初入文壇)
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[求助]
LAMMPS能量計(jì)算值不正確
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大家好，關(guān)于LAMMPS模擬中，能量相關(guān)的部分，有一些問(wèn)題想要請(qǐng)教各位。 我所采用的in文件及data文件，是moltemplate軟件中的OPLS-AA力場(chǎng)正丁烷范例，條件為260K，1atm。在按照范例運(yùn)行之后，發(fā)現(xiàn)內(nèi)能/焓的計(jì)算值相比于NIST的數(shù)據(jù)小50%左右。我嘗試了其他的溫度和壓力，發(fā)現(xiàn)能量（U及H）的計(jì)算值要比NIST數(shù)據(jù)小很多，而且集中在4-5kcal/mol附近，變化很小。 我嘗試修改了special_bonds的參數(shù)，雖然值發(fā)生變化但這應(yīng)該是不正確的。因此想要請(qǐng)教各位是否出現(xiàn)過(guò)同樣的問(wèn)題，以及對(duì)應(yīng)的解決方法。 謝謝大家！ |
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這里是In文件中的運(yùn)行部分 # ------------------------------- Run Section ------------------------------- dump dumpeq1 all custom 50 traj_eq1_min.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz thermo_style custom step temp press ke etotal enthalpy thermo 50 thermo_modify norm yes velocity all create 900.0 4928459 dist gaussian # -- Equilibration: part 1: initial minimization -- minimize 1.0e-5 1.0e-7 100000 400000 undump dumpeq1 write_data system_after_eq1_min.data # -- Equilibration part 2: reorienting the molecules (NVT) -- timestep 1.0 dump dumpeq2 all custom 200 traj_eq2_reorient.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz fix fxlan all langevin 900.0 900.0 120 48279 fix_modify fxlan energy yes fix fxnve all nve run 4000 velocity all scale 900.0 sum yes unfix fxlan unfix fxnve fix fxnvt all nvt temp 900.0 900.0 100.0 fix_modify fxnvt energy yes run 10000 undump dumpeq2 write_data system_after_eq2_reorient.data unfix fxnvt # -- equilibration part 3: Equilibrating the density (NPT) -- dump dumpeq3 all custom 200 traj_eq3_npt.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz fix fxnpt all npt temp 900.0 260.0 100.0 iso 500.0 500.0 1000.0 drag 2.0 timestep 1.0 run 20000 unfix fxnpt fix fxnpt all npt temp 260.0 260.0 100.0 iso 500.0 1.0 1000.0 drag 2.0 timestep 1.0 run 100000 write_data system_after_eq3_npt.data |
2樓2019-05-05 10:07:04
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3樓2019-05-05 10:08:31
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