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liuyunshenm

木蟲 (正式寫手)

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[求助] phono3py計(jì)算晶格熱導(dǎo)率提取數(shù)據(jù)phonon lifetime與聲子頻率的關(guān)系數(shù)據(jù)求助。已有2人參與

大神，‘
您好！
我用的系統(tǒng)是Ubuntu 18.04; 安裝了phono3py 1.16.0版本（最新版本），VASP+phono3py計(jì)算熱導(dǎo)率的
   系統(tǒng)安裝在WMware虛擬機(jī)中的。
   我在用phono3py-kdeplot提取數(shù)據(jù)畫圖時(shí)，總是報(bào)錯(cuò)，報(bào)錯(cuò)提示如下：
   （另外，Ubuntu 14.04+phono3py 1.12.3,  Ubuntu 16.04+phono3py 1.16.0 也基本是如下報(bào)錯(cuò)情況）
   請(qǐng)求大神能幫我從根本上解決問題。最好是能從文件中直接提取數(shù)據(jù)，我另外畫圖。

/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/axes/_base.py:3215: MatplotlibDeprecationWarning:
The `xmin` argument was deprecated in Matplotlib 3.0 and will be removed in 3.2. Use `left` instead.
  alternative='`left`', obj_type='argument')
/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/axes/_base.py:3221: MatplotlibDeprecationWarning:
The `xmax` argument was deprecated in Matplotlib 3.0 and will be removed in 3.2. Use `right` instead.
  alternative='`right`', obj_type='argument')
/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/axes/_base.py:3604: MatplotlibDeprecationWarning:
The `ymin` argument was deprecated in Matplotlib 3.0 and will be removed in 3.2. Use `bottom` instead.
  alternative='`bottom`', obj_type='argument')
/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/axes/_base.py:3610: MatplotlibDeprecationWarning:
The `ymax` argument was deprecated in Matplotlib 3.0 and will be removed in 3.2. Use `top` instead.
  alternative='`top`', obj_type='argument')
Traceback (most recent call last):
  File "/home/pkl/anaconda3/bin/phono3py-kdeplot", line 4, in <module>
__import__('pkg_resources').run_script('phono3py==1.16.0.post1', 'phono3py-kdeplot')
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 666, in run_script
self.require(requires)[0].run_script(script_name, ns)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 1446, in run_script
exec(code, namespace, namespace)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/phono3py-1.16.0.post1-py3.6-linux-x86_64.egg-info/scripts/phono3py-kdeplot", line 294, in <module>
main(get_options())
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/phono3py-1.16.0.post1-py3.6-linux-x86_64.egg-info/scripts/phono3py-kdeplot", line 290, in main
fig.savefig("lifetime.png"

  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/figure.py", line 2094, in savefig
self.canvas.print_figure(fname, **kwargs)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backend_bases.py", line 2075, in print_figure
**kwargs)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/backend_agg.py", line 510, in print_png
FigureCanvasAgg.draw(self)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/backend_agg.py", line 402, in draw
self.figure.draw(self.renderer)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/artist.py", line 50, in draw_wrapper
return draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/figure.py", line 1649, in draw
renderer, self, artists, self.suppressComposite)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/image.py", line 138, in _draw_list_compositing_images
a.draw(renderer)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/artist.py", line 50, in draw_wrapper
return draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/axes/_base.py", line 2628, in draw
mimage._draw_list_compositing_images(renderer, self, artists)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/image.py", line 138, in _draw_list_compositing_images
a.draw(renderer)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/artist.py", line 50, in draw_wrapper
return draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/axis.py", line 1187, in draw
renderer)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/axis.py", line 1125, in _get_tick_bboxes
extent = tick.label1.get_window_extent(renderer)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/text.py", line 930, in get_window_extent
bbox, info, descent = self._get_layout(self._renderer)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/text.py", line 313, in _get_layout
ismath=ismath)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/backend_agg.py", line 209, in get_text_width_height_descent
s, fontsize, renderer=self)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/texmanager.py", line 464, in get_text_width_height_descent
dvifile = self.make_dvi(tex, fontsize)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/texmanager.py", line 328, in make_dvi
texfile], tex)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/texmanager.py", line 298, in _run_checked_subprocess
stderr=subprocess.STDOUT)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/subprocess.py", line 356, in check_output
**kwargs).stdout
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/subprocess.py", line 423, in run
with Popen(*popenargs, **kwargs) as process:
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/subprocess.py", line 729, in __init__
restore_signals, start_new_session)
  File "/home/pkl/anaconda3/lib/python3.6/subprocess.py", line 1364, in _execute_child
raise child_exception_type(errno_num, err_msg, err_filename)
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'latex': 'latex'

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1樓 2019-04-01 00:31:55

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

根據(jù)最后一句，不知是不是坐標(biāo)的符號(hào)latex不能識(shí)別？如果有坐標(biāo)的話，去掉看可否？

自己導(dǎo)出數(shù)據(jù)的話，你需要從一系列的h5py文件中提取數(shù)據(jù)的，需要自己寫一個(gè)簡(jiǎn)單的程序，比如python。你可以從一個(gè)h5py文件中讀取數(shù)據(jù)開始，可以從Togo的網(wǎng)站看他的例子。然后可以根據(jù)他的例子寫一個(gè)簡(jiǎn)單的python程序讀取所有的 kappa-mxxxxx.hdf5 文件中的所有mode的gamma

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2樓2019-04-01 01:08:15

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【答案】應(yīng)助回帖

忘記貼Togo的例子了，地址在這里：

https://atztogo.github.io/phono3py/hdf5_howto.html

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3樓2019-04-01 01:14:17

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2樓: Originally posted by ftwoo at 2019-04-01 01:08:15
根據(jù)最后一句，不知是不是坐標(biāo)的符號(hào)latex不能識(shí)別？如果有坐標(biāo)的話，去掉看可否？

自己導(dǎo)出數(shù)據(jù)的話，你需要從一系列的h5py文件中提取數(shù)據(jù)的，需要自己寫一個(gè)簡(jiǎn)單的程序，比如python。你可以從一個(gè)h5py文件中讀 ...

你好，我在Ubuntu 16.04+phono3py 1.16.0下，安裝過latex，除了latex提示沒有，其他錯(cuò)誤提示依然存在，這個(gè)最明顯的錯(cuò)誤是在matplotlib上，沒辦法畫圖。另外，我不會(huì)pytho語言，更不會(huì)編寫讀取程序，所以望大神提供數(shù)據(jù)提取腳本。

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nopainnogian

4樓2019-04-01 14:25:30

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引用回帖:

3樓: Originally posted by ftwoo at 2019-04-01 01:14:17
忘記貼Togo的例子了，地址在這里：

https://atztogo.github.io/phono3py/hdf5_howto.html

python語言，我看不懂，還望指導(dǎo)

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nopainnogian

5樓2019-04-01 14:26:28

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5樓: Originally posted by liuyunshenm at 2019-04-01 14:26:28
python語言，我看不懂，還望指導(dǎo)...

最好是使用python，Togo提供的例子就是python的，按照那個(gè)鏈接里的code基本可以解決。
如果你用其他編程語言，你可以照著那個(gè)鏈接里的程序一步步改成其他的語言。

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6樓2019-04-02 03:49:55

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6樓: Originally posted by ftwoo at 2019-04-02 03:49:55
最好是使用python，Togo提供的例子就是python的，按照那個(gè)鏈接里的code基本可以解決。
如果你用其他編程語言，你可以照著那個(gè)鏈接里的程序一步步改成其他的語言。...

我試一試看看

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7樓2019-04-03 16:04:04

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8樓2019-04-03 22:56:15

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已經(jīng)試過多次了，還是提取不出聲子壽命的數(shù)據(jù)。望你能提供其他解決辦法

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9樓2019-04-04 19:17:41

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樓主，你能告訴我怎么提取聲子壽命嗎

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10樓2019-04-20 12:10:41

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